cp2k做MD时，分子出现不正常变形

iamjjLin · 发表于 Post on 2023-12-21 10:33:06

各位老师好！
我最近刚接触分子动力学模拟，选择了cp2k这个软件来进行。
如图：这是我输入时的体系结构，用的是Materials Studio构建的。

cp2k的输入文件是由Multiwfn生成的，-1 Molecular dynamics;1 GFN1-xTB;10 CSVR
运行cp2k时没有出现报错，但是生成的轨迹带到VMD中查看时，出现了原子乱飞的现象

请问这是由于什么原因导致的？我在MS中构建时只是简单使用了填充功能，是因为没加力场吗？

snljty2 · 发表于 Post on 2023-12-21 10:49:14

常有人问我怎么载入动力学轨迹后，虽然第一帧的成键方式正确，但播放轨迹时成键方式有时连得乱七八糟，甚至跨越盒子。这是因为如前所述，连接关系要么是从拓扑文件里读取的（比如看Amber轨迹前要载入拓扑文件），要么是载入结构文件时自动判断的（比如看GROMACS轨迹前通常要载入与模拟体系原子信息对应的gro或pdb文件），或者是根据轨迹文件的第一帧结构判断的（比如载入molclus、xtb程序产生的多帧xyz文件），之后再载入轨迹或播放轨迹时都不会改变连接关系。由于动力学过程中可能发生分子解离、异构化，或者由于周期边界条件的原因分子时而完整时而被盒子截断，因此内存里记录的连接关系列表可能对于轨迹的某些帧并不适用，极度影响正常观看。像这种情况，可以用DynamicBonds显示方式，这样就会按照当前帧的坐标实时判断成键并显示（但并不会改写内存里的连接关系列表）；但如果你想用其它显示方式，就得让VMD根据当前这一帧的结构重新判断连接关系并改写内存里的连接关系列表，做法是在文本窗口输入mol bondsrecalc all; topo retypebonds。此时连接关系就是满足当前这一帧的情况了，而对其它帧可能就不适合了。为了方便，你可以定义重新判断连接关系的快捷键，甚至可以让VMD自动对每一帧实时判断连接关系，做法见《VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置》（http://sobereva.com/545）。

iamjjLin · 发表于 Post on 2023-12-21 11:31:26

snljty2 发表于 2023-12-21 10:49
看卢老师博文《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》。

谢谢老师的回答，我用DynamicBonds试了一下，发现整个体系出现了向外破碎的现象，感觉晶胞并没有起到限制作用。但是VMD这个操作帖子很有用，感谢老师的推荐！

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-22 01:49:59

如果是键长都变得明显不合理了，肯定输入文件有硬伤，没输入文件没法判断原因
GFN-xTB计算根本不牵扯力场

iamjjLin · 发表于 Post on 2023-12-22 09:34:34

sobereva 发表于 2023-12-22 01:49
如果是键长都变得明显不合理了，肯定输入文件有硬伤，没输入文件没法判断原因
GFN-xTB计算根本不牵扯力场
...

这个是输入文件，使用的是multiwfn生成的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-22 16:00:40

iamjjLin 发表于 2023-12-22 09:34
这个是输入文件，使用的是multiwfn生成的。

步长哪能用10fs，也太大了
用1fs

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