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[PSI4] PSI4做能量分解报错求助

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各位老师,我用sob老师经验贴 http://sobereva.com/526 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算,安装了PSI4程序,运行后出现报错,查了论坛帖子可能是内存不够这里粘上虚拟机的设置,想请教大家我这个大概80个原子,得需要多大内存,另外可以机械硬盘上装虚拟机然后再装psi4吗?那是不是一开始就要把内存设置成很大比如1tB?

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发表于 Post on 2023-12-26 11:30:52 | 只看该作者 Only view this author
你这不像是内存不足,像是硬盘分区写满了,临时文件太大了。检查一下临时文件所在目录。如果你有设置$PSI_SCRATCH环境变量的话,那就在$PSI_SCRATCH/下。Windows下装虚拟机然后装Linux系统是一种办法,不过我个人不推荐虚拟机,建议直接使用Win10和11自带的Linux子系统WSL(需要开启WSL,网上教程一箩筐)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-26 12:02:31 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2023-12-26 11:30
你这不像是内存不足,像是硬盘分区写满了,临时文件太大了。检查一下临时文件所在目录。如果你有设置$PSI_S ...

您好感谢回复,我的虚拟机大概只剩不到20个g,是不是临时文件写不下了。

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发表于 Post on 2023-12-26 14:33:00 | 只看该作者 Only view this author
2532251334 发表于 2023-12-26 12:02
您好感谢回复,我的虚拟机大概只剩不到20个g,是不是临时文件写不下了。

在2L中已经说过了“检查一下临时文件所在目录”。手把手教学举例:
运行df -h查看所有分区,检查有无分区几乎被写满了,是否其含有$PSI_SCRATCH/目录。
若某个分区中目录较多,不知道哪个目录占用最多,可进入相应目录,运行du -h --max-depth=1查看哪个目录占用最多。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-26 17:08:54 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2023-12-26 14:33
在2L中已经说过了“检查一下临时文件所在目录”。手把手教学举例:
运行df -h查看所有分区,检查有无分 ...

老师我确认过了,是内存不够无法运行。后来我重新撞了个虚拟机分了很大的物理内存,然后用64G(电脑的极限)内存运行不会报错但是到后面内存一直99%占用但是CPU只有1%,换成32G内存后,运行到一半直接Killed任务就结束了,也没有报错,老师您知道咋回事吗?是不是我电脑算不了这个?

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发表于 Post on 2023-12-26 23:37:00 | 只看该作者 Only view this author
这么大体系做SAPT极其占用资源,而且只能用最低阶的SAPT0,精度挺烂的
强烈建议用sobEDAw代替,不怎么占内存和硬盘,耗时低得多,精度也比SAPT0更好
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 14:20:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-26 23:37
这么大体系做SAPT极其占用资源,而且只能用最低阶的SAPT0,精度挺烂的
强烈建议用sobEDAw代替,不怎么占内 ...

老师我看到您的帖子了,我想求电荷转移项的成份,不知道您有写教程没?我好像没看到

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发表于 Post on 2023-12-27 22:51:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-12-27 22:52 编辑
2532251334 发表于 2023-12-26 17:08
老师我确认过了,是内存不够无法运行。后来我重新撞了个虚拟机分了很大的物理内存,然后用64G(电脑的极限 ...

我仍然坚持是你 PSI4临时文件所在的分区太小 (注意,整个Linux系统有多大,与目标分区有多大,是两码事)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-28 21:41:26 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2023-12-27 22:51
我仍然坚持是你 PSI4临时文件所在的分区太小 (注意,整个Linux系统有多大,与目标分区有多大,是两码事 ...

好的,谢谢老师解答,我再试试。

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