如何平衡做实验与理论计算

Lucas61 · 发表于 Post on 2023-12-26 16:36:13

各位老师，我是实验组做实验出身，中途对计算感兴趣，正好导师也支持我们学计算。现阶段正在同时做实验，并给组内的课题做理论计算，但是明显感觉时间不够用。我们实验方向是做有机方法学的，需要大量的投反应拓底物，但是计算也需要随时监测计算进度，处理数据。上完Sob老师的初级班后目前正式开始做计算一周了，明显感觉时间的分配不够合理，要么就是做起实验来停不下，没空看计算结果。要么就是电脑面前一坐坐半天处理计算，一周下来两头的效率都不是很高，各位老师有相关的经验可以指点一下吗？想要学习一下各位老师同时做实验和理论计算对时间的分配管理

Strange · 发表于 Post on 2023-12-26 18:23:49

我一般就每天两餐饭后+晚上有空的话处理下计算结果。其他做实验的期间放着电脑算就行了

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2023-12-26 21:59:30

为啥处理计算要这么久呢，电脑面前一坐坐半天处理计算？
一般来说吧，如果是实验和计算同时进行，那么可以把计算任务扔上服务器之后就去做实验；如果是单纯做计算，那么可以先用简化的实验模型算算看（例如，Ph3P先用H3P代替算算看），先摸清反应路径，看看有没有insight，或者会不会出现怎么算都对不上实验精度的情况。
你是经常要找过渡态吗？过渡态寻找的成功率确实强烈影响做课题的速度。一般来说需要用自己的化学直觉结合一些策略来找到过渡态，而且常常要反复尝试。

Lucas61 · 发表于 Post on 2023-12-27 09:13:43

本帖最后由 Lucas61 于 2023-12-27 09:19 编辑

北大-陶豫发表于 2023-12-26 21:59
为啥处理计算要这么久呢，电脑面前一坐坐半天处理计算？
一般来说吧，如果是实验和计算同时进行，那么可以 ...

感谢您的解答！
主要是刚上手来做，很多东西需要反复翻看Sob老师的博文，再加上刚开始时候先把大多数反应物、催化剂与反应物络合物一下子都算了，算的很快，就来不及做实验了，这周开始找过渡态之后明显感觉不需要那么频繁的盯着了
我的计算内容主要是两个方面，一是催化剂和底物的多种作用模式，去算一算哪种作用模式更优势；二是寻找在催化剂作用下的过渡态，往往就要反复调整了

再次感谢您的指点！

Lucas61 · 发表于 Post on 2023-12-27 09:19:33

Strange 发表于 2023-12-26 18:23
我一般就每天两餐饭后+晚上有空的话处理下计算结果。其他做实验的期间放着电脑算就行了

好的，谢谢！受教了！

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