如何平衡做实验与理论计算

Lucas61

各位老师，我是实验组做实验出身，中途对计算感兴趣，正好导师也支持我们学计算。现阶段正在同时做实验，并给组内的课题做理论计算，但是明显感觉时间不够用。我们实验方向是做有机方法学的，需要大量的投反应拓底物，但是计算也需要随时监测计算进度，处理数据。上完Sob老师的初级班后目前正式开始做计算一周了，明显感觉时间的分配不够合理，要么就是做起实验来停不下，没空看计算结果。要么就是电脑面前一坐坐半天处理计算，一周下来两头的效率都不是很高，各位老师有相关的经验可以指点一下吗？想要学习一下各位老师同时做实验和理论计算对时间的分配管理

Strange

我一般就每天两餐饭后+晚上有空的话处理下计算结果。其他做实验的期间放着电脑算就行了

北大-陶豫

为啥处理计算要这么久呢，电脑面前一坐坐半天处理计算？
一般来说吧，如果是实验和计算同时进行，那么可以把计算任务扔上服务器之后就去做实验；如果是单纯做计算，那么可以先用简化的实验模型算算看（例如，Ph3P先用H3P代替算算看），先摸清反应路径，看看有没有insight，或者会不会出现怎么算都对不上实验精度的情况。
你是经常要找过渡态吗？过渡态寻找的成功率确实强烈影响做课题的速度。一般来说需要用自己的化学直觉结合一些策略来找到过渡态，而且常常要反复尝试。

Lucas61

北大-陶豫 发表于 2023-12-26 21:59
为啥处理计算要这么久呢，电脑面前一坐坐半天处理计算？
一般来说吧，如果是实验和计算同时进行，那么可以 ...

感谢您的解答！
主要是刚上手来做，很多东西需要反复翻看Sob老师的博文，再加上刚开始时候先把大多数反应物、催化剂与反应物络合物一下子都算了，算的很快，就来不及做实验了，这周开始找过渡态之后明显感觉不需要那么频繁的盯着了
我的计算内容主要是两个方面，一是催化剂和底物的多种作用模式，去算一算哪种作用模式更优势；二是寻找在催化剂作用下的过渡态，往往就要反复调整了

再次感谢您的指点！

Lucas61

Strange 发表于 2023-12-26 18:23
我一般就每天两餐饭后+晚上有空的话处理下计算结果。其他做实验的期间放着电脑算就行了

好的，谢谢！受教了！

1264622935

建议熟悉一下结构化学和配位化学有利于提高化学直觉

wbqdssl

1264622935 发表于 2025-2-25 15:26
建议熟悉一下结构化学和配位化学有利于提高化学直觉

同一个内容发9遍是要干啥？

liuxp

wbqdssl 发表于 2025-2-25 17:50
同一个内容发9遍是要干啥？

哈哈哈  我能理解你的痛苦   我现在打字的时候刚做完计算的输入文件，然后提交上去，耗时两个小时。我是第一性原理催化方向。需要做结构优化和振动分析，计算不同小分子的自由能，前后加起来要做28个输入文件，然后挨个打开，改参数。每次都耗费好几个小时，很愁人。由于我计算机基础不好，那种批量 生成输入文件的脚本写过几次，然后失败了就没再改。老老实实按规矩见文件。实验跟计算很难平衡。

sobereva

1264622935 发表于 2025-2-25 15:26
建议熟悉一下结构化学和配位化学有利于提高化学直觉

同一个帖子连发九遍，严重扰乱论坛秩序！
扣10eV论坛积分处理。下次直接封号

ZigzagZhou

你可以考虑制作脚本来提升你的计算这边生成输入文件与处理输出数据的效率

chencp

没有做实验

yangfeidong

好好做实验

shobuu

我是一直做计算的，对于第一性原理计算来说，计算时长是个问题，服务器核数少的话，进度很慢。
然后对实验有个疑问，感觉需要有人带，因为里面很多细节，有些人能做出来有些做不出来。