求助gromacs模拟解金属离子对蛋白与配体结合的结果分析的问题

wmy1217

各位老师好，最近在分子动力学模拟过程中遇到了一些问题想请教一下。
就是想通过在模拟系统当中添加不同的金属离子，来了解金属离子对蛋白与配体结合的影响，模拟系统中包括蛋白，金属离子，配体小分子。蛋白质用的是同源建模得到的，配体小分子的初始结合位置是通过分子对接得到的，金属离子的位置是通过mib网站预测得到的。
模拟一共跑了50ns，我想通过分析不同金属离子加入后得到的模拟结果的蛋白rmsd、rmsf、蛋白与配体间的氢键数量变化，以及配体碳骨架的rmsd来了解金属离子对蛋白与配体结合的影响

我的问题是，1、以上四种结果分析能体现我想要分析的问题吗，或者应该再加入什么数据分析来补充比较好

2、但是在进行结果分析时，得到的rmsd曲线一方面没有得到平稳，不同金属离子加入体系后 曲线变化忽上忽下，


另一方面我发现在进行重复模拟时，得到的rmsd曲线还是有一定差别的（以下每张图上的曲线的都是相同系统进行重复50ns模拟的RMSD）




rmsf曲线也不是明显的高或低，感觉并不能看出区别

3、此外，在模拟中，某些系统在加入金属离子后 蛋白与配体的氢键数量减少，但是其rmsd却明显比不加金属离子的更加平稳，这是为何呢，按理来说氢键数量减少应该代表金属离子的加入不利于蛋白与配体结合，但rmsd平稳应该表示金属离子加入后更利于蛋白质的结果，感觉这个结果是矛盾的

4、造成以上结果的原因是模拟时间不够吗，或者是蛋白与配体在模拟前的能量最小化不够 没有收敛好，还是什么导致的呢?

Azrael

既然有时间重复跑，不如跑时间长一些，比如跑200ns，观察RMSD是否收敛。50ns很难说明带金属的复杂体系

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同学你好，金属离子你是怎么配力场？