[已解决]模拟了蒙脱石和水/甲烷体系，但trjconv输出轨迹时无法将蒙脱石放在盒子内部

牧生

用了一个可无限延展的蒙脱石板（用interface力场），放在盒子中间，蒙脱石上下方均放了甲烷+水。跑完了NPT以后，使用命令gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.gro -s npt.tpr -pbc mol，得到的轨迹的图，蒙脱石不在中间。

虽然不影响分析，但看着有点碍眼




尝试过这个命令
gmx make_ndx -f npt.gro  ，选择蒙脱石组
gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.xtc -n index.ndx -center

再打开npt.gro后载入traj.xtc ，虽然蒙脱石在中间了，但得到的图像有很多胡乱的线条，
如果再使用gmx trjconv -f traj.xtc -o traj.gro -s npt.tpr -pbc mol，得到的图像仍然是蒙脱石超出盒子边缘。

我该如何放蒙脱石保持在盒子内部呢？

丁越

试试gmx trjconv -f npt.xtc -s npt.tpr -o traj.xtc -n index.ndx -center  -pbc mol

牧生

丁越 发表于 2024-1-25 10:12
试试gmx trjconv -f npt.xtc -s npt.tpr -o traj.xtc -n index.ndx -center  -pbc mol

谢谢，试了，这次看起来正常了

15939474177

请问一下这个是什么原因呢 先试了gmx make_ndx -f npt.gro  ，选择蒙脱石组
gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.xtc -n index.ndx -center 然后gmx trjconv -f traj.xtc -s nvt.tpr -pbc whole -o nvtpbc.xtc，gmx trjconv -f nvtpbc.xtc -s nvt.tpr -pbc nojump -o nvtpbc1.xtc ，gmx trjconv -f nvtpbc1.xtc -s nvt.tpr -pbc mol -center -o final.xtc还是不行最后又在final.xtc基础上试了gmx trjconv -f final.xtc -s nvt.tpr -o traj1.xtc -n index.ndx -center -pbc mol，最终得到如下图

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丁越 发表于 2024-1-25 10:12
试试gmx trjconv -f npt.xtc -s npt.tpr -o traj.xtc -n index.ndx -center  -pbc mol

请问一下这个是什么原因呢 先试了gmx make_ndx -f npt.gro  ，选择蒙脱石组
gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.xtc -n index.ndx -center 然后gmx trjconv -f traj.xtc -s nvt.tpr -pbc whole -o nvtpbc.xtc，gmx trjconv -f nvtpbc.xtc -s nvt.tpr -pbc nojump -o nvtpbc1.xtc ，gmx trjconv -f nvtpbc1.xtc -s nvt.tpr -pbc mol -center -o final.xtc还是不行最后又在final.xtc基础上试了gmx trjconv -f final.xtc -s nvt.tpr -o traj1.xtc -n index.ndx -center -pbc mol，最终得到如下图