求助:gromacs加溶剂时报错溶剂top文件有问题，怎么修改呢

@LWS · 发表于 Post on 2024-1-27 15:09:36

怎么修改carbon.gro 文件防止报错呢，谢谢大家。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-1-27 16:17:16

没有设置盒子信息，应当先使用editconf构建模拟盒子

@LWS · 发表于 Post on 2024-1-27 18:34:52

Seyilaxa 发表于 2024-1-27 16:17
没有设置盒子信息，应当先使用editconf构建模拟盒子

我先是构建了一个苯的盒子，然后把甲烷放进去的呀

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-1-27 21:20:19

这个gro文件哪有box尺寸信息呢？

UTM · 发表于 Post on 2024-1-27 21:59:47

dayu8278 发表于 2024-1-27 21:20
这个gro文件哪有box尺寸信息呢？

用记事本打开，最下面就是盒子的尺寸。

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-1-27 22:29:38

UTM 发表于 2024-1-27 21:59
用记事本打开，最下面就是盒子的尺寸。

这是你的gro文件信息：

carbon
   5
1MOL    C1 1  -0.009  -0.090 0.000
1MOL    H2 2 0.026  -0.191 0.000
1MOL    H3 3 0.026  -0.039 0.087
1MOL    H4 4 0.026  -0.039  -0.087
1MOL    H5 5  -0.116  -0.090 0.000
0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-1-27 22:38:40

UTM 发表于 2024-1-27 21:59
用记事本打开，最下面就是盒子的尺寸。

你要是正确定义盒子尺寸，最下面应该是：
carbon
   5
1MOL    C1 1  -0.009  -0.090 0.000
1MOL    H2 2 0.026  -0.191 0.000
1MOL    H3 3 0.026  -0.039 0.087
1MOL    H4 4 0.026  -0.039  -0.087
1MOL    H5 5  -0.116  -0.090 0.000
1.46020 1.46020 1.46020

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-28 03:00:37

gro文件最后一行是以nm为单位的盒子信息，都是0相当于盒子信息没定义
若没有盒子信息，自然gmx solvate没法填充溶剂分子进去，因为此程序就是用来往盒子里的空白区域填充的

@LWS · 发表于 Post on 2024-1-28 11:42:25

dayu8278 发表于 2024-1-27 22:38
你要是正确定义盒子尺寸，最下面应该是：
carbon
5

好的，十分感谢

@LWS · 发表于 Post on 2024-1-28 11:46:12

sobereva 发表于 2024-1-28 03:00
gro文件最后一行是以nm为单位的盒子信息，都是0相当于盒子信息没定义
若没有盒子信息，自然gmx solvate没 ...

好的，谢谢老师

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