用什么命令可以提取水油界面上吸附在蛋白上的溶剂分子数

Adore · 发表于 Post on 2024-1-29 11:18:13

此文中的体系为水油界面上放入表面活性剂，此图中，横坐标为在界面上的表面活性剂的分子数，纵坐标为界面的厚度。我的体系是水油界面上放了一个蛋白，在GROMACS中我用什么命令可以得到界面厚度的变化趋势？

Graphite · 发表于 Post on 2024-1-29 17:56:05

这个图貌似是做了平行的若干组模拟，如放入30/60/80个表面活性剂，平衡后，计算表面活性剂分子的z轴厚度得到的。跟你做的可能不是一个东西。

Adore · 发表于 Post on 2024-1-29 19:57:54

我做的是水油界面放了一个蛋白，请问一下怎么可以提取出来界面处吸附在蛋白表面的水的分子数和油的分子数呢？

tsgyls · 发表于 Post on 2024-1-29 20:31:40

应该可以统计与某个分子距离小于多少范围内的分子个数，具体的指令忘记了

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[GROMACS] 用什么命令可以提取水油界面上吸附在蛋白上的溶剂分子数