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[GROMACS] 使用脚本进行gaussian和antechamber拟合RESP电荷过程出错

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楼主
想请问一下各位大神,我用这个脚本运行计算配体的拓扑文件时,显示我的acpype没有tmp文件,我之前计算中性配体没有问题,但这次计算的配体说带负电的,但我已经在charge文件中改成了-1,为什么还是出现错误

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Run1_Topology.sh

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发表于 Post on 2024-3-15 09:58:13 | 只看该作者 Only view this author
现在普遍都用下面的做法,又省事又没破毛病
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

你的做法早过时了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 10:22:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-15 09:58
现在普遍都用下面的做法,又省事又没破毛病
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http ...

好的谢谢老师,我来研究一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 16:13:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-15 09:58
现在普遍都用下面的做法,又省事又没破毛病
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http ...

老师您好,我想问一下用Multiwfn计算需要很久吗,我为什么卡在了第一步

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发表于 Post on 2024-3-15 17:32:58 | 只看该作者 Only view this author
luohaoxuan 发表于 2024-3-15 16:13
老师您好,我想问一下用Multiwfn计算需要很久吗,我为什么卡在了第一步

明显现在是在做Gaussian几何优化,根本还没到算RESP的时候

博文已经说得很清楚了
此脚本默认的计算级别算出的RESP电荷的质量已经很好。几何优化部分如果算不动或者想显著降低耗时的话,可以把原有的关键词改为# PM6D3 opt,即使用PM6-D3半经验方法在真空中做优化,但这个级别只适合普通有机体系而且没有体系局部显离子特征的情况。单点任务部分算不动的话,可以把def2-TZVP降到6-311G**,如果是阴离子建议改为6-311+G**。有时候对柔性大体系的优化过程可能难收敛,可以尝试把opt改为诸如opt(loose,gdiis)之类使得达到收敛更容易的关键词,详见《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》(http://sobereva.com/164)。
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