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[VMD] 请教如何在VMD表示我的体系中CO2和H2O以及N2

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请教下老师们如何表示体系中的CO2和H2O以及N2,尝试一段时间选择语法后没有成功,我的盒子信息pbc set {9.83 21.07 17.97} -all。另外备注我是想修改卢天老师CP2K培训班给的分析片段随着时间变化的脚本,不知只修改里面的表示片段部分能否修改成功,谢谢各位老师。

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发表于 Post on 2024-3-15 17:25:25 | 只看该作者 Only view this author
没法简单表示
如果反应过程中成键方式不断变化,必须对每帧重新判断链接关系,然后根据分子特征选择。比如CO2,就用numbonds和element属性把同时成两个键的碳作为CO2的碳,fragment号与这个碳相同的氧作为CO2上的氧。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2024-3-15 17:30:07 | 只看该作者 Only view this author
反应产物变化这得自己写程序分析才可以了,如果你只有这种轨迹的话。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 19:15:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-15 17:25
没法简单表示
如果反应过程中成键方式不断变化,必须对每帧重新判断链接关系,然后根据分子特征选择。比如 ...

谢谢卢老师的建议,我再试一试。请问老师有推荐的程序直接分析动力学轨迹的产物变化吗?之前听做实验师兄说MS里面有可以分析轨迹的模块,我还没有去尝试。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 19:16:55 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2024-3-15 17:30
反应产物变化这得自己写程序分析才可以了,如果你只有这种轨迹的话。

谢谢老师建议,这个是我跑的动力学轨迹的一部分帧,整体是从实验晶体分解到这一步。因而想模仿别的文章看看产物变化规律。
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发表于 Post on 2024-3-15 20:07:46 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2024-3-15 19:15
谢谢卢老师的建议,我再试一试。请问老师有推荐的程序直接分析动力学轨迹的产物变化吗?之前听做实验师兄 ...

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt(应该是你那届CP2K培训之后新增的):

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 20:22:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-15 20:07
参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt(应 ...

谢谢卢老师!我是第一届买的资料,一直断断续续学习,感谢老师帮助,我研究一下。
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