consearch：一键提交slurm的molclus构象搜索脚本

Kamistry

consearch：一键提交slurm的molclus构象搜索脚本

Author： Zihan Lin @ USTC （Kamistry @ 计算化学公社）

在使用本脚本进行科学研究，研究结果发表时，如若能正确引用，笔者将万分感激！

使用前准备

1、首先需要给予脚本运行权限，可以使用如下命令

1. chmod +x consearch

复制代码

强烈推荐把consearch加入环境变量中，无需每次复制到计算文件夹中

2、修改 # commands部分 或 将xtb、crest、molclus、isostat加入环境变量（推荐后者，特别是在不同环境下使用或者不清楚如何更改脚本的情况下）

3、计算前在计算文件夹中提供输入文件（例如input.xyz）、xtb动力学需要的设置（例如md.inp，如果使用了--traj选项则不用提供）、molclus需要的template.gjf、settings.ini、template_SP.inp或template_SP.gjf等（如果使用了-3选项则不用提供）。如果缺少文件会有提示（参见后面的说明）。

用法

1. consearch 选项 input.xyz

复制代码

以下是可用的选项：

--cpu=

    设置运行核数，只能是正整数。

--mem=

    设置运行内存，单位只能是MB或者GB。

--traj

    使用已有的轨迹文件。使用这个选项时，代表输入的input.xyz是已得到的轨迹文件（例如通过gromacs、gentor等方式获得），此时不会调用xtb做动力学。

--mdinput=

    设置xtb动力学的参数文件，对应xtb --input选项。当使用--traj选项时，此选项会被忽略。如果不使用这个选项去指定文件名，则默认是md.inp。

--solvent=

    设置第2步GFN2-xTB优化的溶剂环境，对应xtb --gbsa选项，当额外参数为空字符串时代表使用气相计算。

--chrg=

    对应xtb --chrg选项，默认值是0。

--uhf=

    对应xtb --uhf选项，默认值是0。

--Nout=

    对应isostat -Nout选项，默认值是10。

--Eout=

    对应isostat -Eout选项，默认值是2.4。

--Edis=

    对应isostat -Edis选项，默认值是0.5。

--Gdis=

    对应isostat -Gdis选项，默认值是0.5。

--temp=

    设置温度，单位是K，对应isostat -T选项，默认值是298.15。

--clean=

    自动清理。设置为0时，保留所有文件；设置为1时，仅保留每一步的最终结果（在计算文件夹下00result.xyz等文件）；设置为2时，清理所有中间文件，仅保留最终文件。

-1

    跳过第一步 （GFN0-xTB优化）。此时输入文件将直接提供给后面步骤。

-2

    跳过第二步 （GFN0-xTB优化）。此时输入文件将直接提供给后面步骤。

-3

    跳过第三步 （molclus）。当-1、-2、-3选项同时被使用时，相当于只用xtb跑动力学。当--traj、-1、-2、-3选项同时被使用时没有意义。

-h|--help

    显示帮助

如何设置参数

1、临时更改

临时更改的情况强烈不建议直接修改脚本，请使用命令行参数。当选项后面带有=时，意思是需要提供额外的参数，与长选项以空格或等号隔开。如果为空字符串，例如设置气相条件计算，可以用--solvent=""或--solvent ""

2、多次使用

a. 直接更改脚本# default settings部分（不建议，除了cpu和mem）

b. 写一个如下的调用脚本consearch2.sh（还是推荐加入环境变量）

1. #!/bin/bash
   
2. consearch 要添加的选项 $@

复制代码

然后

1. chmod u+x consearch2.sh

复制代码

使用时只需要用consearch2.sh替代consearch即可，但是要注意参数冲突的情况。

提交任务

本脚本会自动提交slurm，在提交前会检查已有的文件是否齐全，并输出如下。（注意：不同的超算上可能需要在sbatch << EOF部分加上复制到计算节点的命令，具体参考超算的说明）

1. --------------------------------------------------------------------------------
   
2.                                      Check files
   
3. --------------------------------------------------------------------------------
   
4. Input file                    :               found input.xyz
   
5. Molclus settings              :      found settings.ini
   
6. Molclus template              :      found template.gjf
   
7. Molclus template_SP           :      found template_SP.inp
   

复制代码

通过检查后会自动提交slurm，并根据cpu和mem参数请求资源，如果不需要用slurm可以将sbatch << EOF替换为bash << EOF。

输出会被保存在consearch.log中，每一步的中间文件会在0x（x对应具体步骤）子文件夹中，每一步结果会被复制到计算文件夹中，命名为0xresult.xyz。

脚本分析

以下是这个脚本的思路和分析，希望能起到抛砖引玉的作用。

第一行指定默认使用bash运行，之后是用法注释。

1. #!/bin/bash
   
2. 
   
3. # author: Zihan Lin
   
4. 
   
5. # Usage:
   
6. #     consearch <options> input.xyz
   
7. #
   
8. # Example:
   
9. #     consearch input.xyz
   
10. #     consearch --traj --cpu 64 --mem 480GB traj.xyz
    
11. #     consearch --solvent toluene input.xyz
    
12. #
    
13. # Options:
    
14. #     --cpu=         : Set the number of cores used
    
15. #     --mem=         : Set the number of memery used. Unit is MB or GB.
    
16. #     --traj         : Use existed traj file
    
17. #     --mdinput=     : Set --input for xtb. Default is md.inp.
    
18. #     --solvent=     : Set solvent for xtb. Default is water.
    
19. #     --chrg=        : Set --chrg for xtb. Default is 0.
    
20. #     --uhf=         : Set --uhf for xtb. Default is 0.
    
21. #     --Nout=        : Set -Nout for isostat. Default is 10.
    
22. #     --Eout=        : Set -Eout for isostat. Default is 2.4.
    
23. #     --Edis=        : Set -Edis for isostat. Default is 0.5.
    
24. #     --Gdis=        : Set -Gdis for isostat. Default is 0.5.
    
25. #     --temp=        : Set temperature for isostat. Default is 298.15.
    
26. #     --clean=       : Auto clean or not. 0: keep all files. 1: keep only the
    
27. #                      final result of each step. 2: delete all intermediate files
    
28. #     -1             : Skip step 1 (GFN0-xTB optimization).
    
29. #     -2             : Skip step 2 (GFN2-xTB optimization).
    
30. #     -3             : Skip step 3 (molclus).
    
31. #     -h|--help      : Show this information.

复制代码

接下来这一部分是调用命令的设置，请根据自己的情况修改或加入环境变量（推荐后者，省时省力，一劳永逸）。

1. # commands
   
2. # change them or add to environment variables
   
3. xtb=xtb
   
4. crest=crest
   
5. molclus=molclus
   
6. isostat=isostat

复制代码

默认设置部分，除了cpu和mem以外不推荐直接修改。

1. # default settings
   
2. # not recommended to change this every time, please use the command line argument
   
3. cpu=64              # cpu core
   
4. mem=480GB           # memory
   
5. omp_stacksize=4000m # memory for xtb
   
6. inputTraj=0         # whether use existed traj file or not
   
7. mdFile=md.inp       # md settings for xtb
   
8. solvent=water       # solvent for xtb (step 2)
   
9. chrg=0              # chrg for xtb
   
10. uhf=0               # uhf for xtb
    
11. Nout=10             # Nout for isostat
    
12. Eout=2.4            # Eout for isostat
    
13. Edis=0.5            # Edis for isostat
    
14. Gdis=0.5            # Gdis for isostat
    
15. temperature=298.15  # temperature for isostat
    
16. clean=0             # auto clean after completed
    
17. skip1=0             # skip step 1 (GFN0-xTB optimization)
    
18. skip2=0             # skip step 2 (GFN2-xTB optimization)
    
19. skip3=0             # skip step 3 (molclus)

复制代码

其他需要的变量，不要修改，否则可能出错。

1. # other variables, DO NOT CHANGE!
   
2. inputFile=""
   
3. divideLine=$(printf '%.0s-' {1..80})
   
4. spTemplate=""

复制代码

这一部分是输出帮助信息，因为可能会用到多次，所以写成一个function

1. function printHelp {
   
2.         printf "\n%s\n%42s\n%s\n" "$divideLine" "Help" "$divideLine"
   
3.         printf "Usage: \n    %s\n\n" "consearch <options> input.xyz"
   
4.         printf "Example: \n    %s\n" "consearch input.xyz"
   
5.         printf "    %s\n" "consearch --traj --cpu 64 --mem 480GB traj.xyz"
   
6.         printf "    %s\n\n" "consearch --solvent toluene input.xyz"
   
7.         printf "Options:\n"
   
8.         printf "    %-15s: %s\n" "--cpu=" "Set the number of cores used"
   
9.         printf "    %-15s: %s\n" "--mem=" "Set the number of memery used. Unit is MB or GB."
   
10.         printf "    %-15s: %s\n" "--traj" "Use existed traj file"
    
11.         printf "    %-15s: %s\n" "--mdinput=" "Set --input for xtb. Default is md.inp."
    
12.         printf "    %-15s: %s\n" "--solvent=" "Set solvent for xtb. Default is water."
    
13.         printf "    %-15s: %s\n" "--chrg=" "Set --chrg for xtb. Default is 0."
    
14.         printf "    %-15s: %s\n" "--uhf=" "Set --uhf for xtb. Default is 0."
    
15.         printf "    %-15s: %s\n" "--Nout=" "Set -Nout for isostat. Default is 10."
    
16.         printf "    %-15s: %s\n" "--Eout=" "Set -Eout for isostat. Default is 2.4."
    
17.         printf "    %-15s: %s\n" "--Edis=" "Set -Edis for isostat. Default is 0.5."
    
18.         printf "    %-15s: %s\n" "--Gdis=" "Set -Gdis for isostat. Default is 0.5."
    
19.         printf "    %-15s: %s\n" "--temp=" "Set temperature for isostat. Default is 298.15."
    
20.         printf "    %-15s: %s\n" "--clean=" "Auto clean or not. 0: keep all files. 1: keep only the"
    
21.         printf "    %-15s  %s\n" "" "final result of each step. 2: delete all intermediate files"
    
22.         printf "    %-15s: %s\n" "-1" "Skip step 1 (GFN0-xTB optimization)."
    
23.         printf "    %-15s: %s\n" "-2" "Skip step 2 (GFN2-xTB optimization)."
    
24.         printf "    %-15s: %s\n" "-3" "Skip step 3 (molclus)."
    
25.         printf "    %-15s: %s\n" "-h|--help" "Show this information."
    
26.         printf "\nAuthor: \n    %s\n\n" "Zihan Lin @ USTC"
    
27. }

复制代码

主体部分，首先是解析命令行参数

1. # handle options and parameters
   
2. printf "\n%s\n%54s\n%s\n" "$divideLine" "Parse options and parameters" "$divideLine"
   
3. options=$(getopt -q -l cpu:,mem:,traj,mdinput:,chrg:,uhf:,solvent:,Nout:,Eout:,Edis:,Gdis:,temp:,clean:,help h123 "$@")
   
4. printf "command parameters: %s\n" "$options"
   
5. eval set -- "$options"
   
6. while [ -n "$1" ]; do
   
7.         case "$1" in
   
8.         --cpu)
   
9.                 if [[ $2 =~ ^[1-9][0-9]*$ ]]; then
   
10.                         cpu=$2
    
11.                         printf "%-10s: %s\n" "--cpu" "use $2 core(s)"
    
12.                 else
    
13.                         printf "%-10s: %s\n" "--cpu" "invalid --cpu argument, this will be ignored"
    
14.                 fi
    
15.                 shift
    
16.                 ;;
    
17.         --mem)
    
18.                 if [[ $2 =~ ^[1-9][0-9]*[mMgG][bB]?$ ]]; then
    
19.                         mem=$2
    
20.                         printf "%-10s: %s\n" "--mem" "use $2 memory"
    
21.                 else
    
22.                         printf "%-10s: %s\n" "--mem" "invalid --mem argument, this will be ignored"
    
23.                 fi
    
24.                 shift
    
25.                 ;;
    
26.         --traj) # use exists trajectory file
    
27.                 printf "%-10s: %s\n" "--traj" "use exists trajectory file"
    
28.                 inputTraj=1
    
29.                 ;;
    
30.         --mdinput) # set input for xtb
    
31.                 if [ -n "$2" ]; then
    
32.                         mdFile=$2
    
33.                         if [ "$2" != "md.inp" ]; then
    
34.                                 printf "%-10s: %s\n" "--mdinput" "use $2 instead of md.inp as xtb --input argument"
    
35.                         fi
    
36.                 else
    
37.                         printf "%-10s: %s\n" "--mdinput" "invalid --mdinput argument, this will be ignored"
    
38.                 fi
    
39.                 shift
    
40.                 ;;
    
41.         --chrg) # set chrg for xtb
    
42.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+$ ]]; then
    
43.                         chrg=$2
    
44.                         printf "%-10s: %s\n" "--chrg" "use $2 for xtb --chrg argument"
    
45.                 else
    
46.                         printf "%-10s: %s\n" "--chrg" "invalid --chrg argument, this will be ignored"
    
47.                 fi
    
48.                 shift
    
49.                 ;;
    
50.         --uhf) # set uhf for xtb
    
51.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+$ ]]; then
    
52.                         uhf=$2
    
53.                         printf "%-10s: %s\n" "--uhf" "use $2 for xtb --uhf argument"
    
54.                 else
    
55.                         printf "%-10s: %s\n" "--uhf" "invalid --uhf argument, this will be ignored"
    
56.                 fi
    
57.                 shift
    
58.                 ;;
    
59.         --solvent) # set solvent for xtb
    
60.                 solvent=$2
    
61.                 if [ -n "$solvent" ]; then
    
62.                         printf "%-10s: %s\n" "--solvent" "use $2 for xtb --input argument"
    
63.                 else
    
64.                         printf "%-10s: %s\n" "--solvent" "use gas phase"
    
65.                 fi
    
66.                 shift
    
67.                 ;;
    
68.         --Nout) # set Nout for isostat
    
69.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+$ ]]; then
    
70.                         Nout=$2
    
71.                         printf "%-10s: %s\n" "--Nout" "use $2 for isostat -Nout argument"
    
72.                 else
    
73.                         printf "%-10s: %s\n" "--Nout" "invalid --Nout argument, this will be ignored"
    
74.                 fi
    
75.                 shift
    
76.                 ;;
    
77.         --Eout) # set Eout for isostat
    
78.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
    
79.                         Eout=$2
    
80.                         printf "%-10s: %s\n" "--Eout" "use $2 for isostat -Eout argument"
    
81.                 else
    
82.                         printf "%-10s: %s\n" "--Eout" "invalid --Eout argument, this will be ignored"
    
83.                 fi
    
84.                 shift
    
85.                 ;;
    
86.         --Edis) # set Edis for isostat
    
87.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
    
88.                         Edis=$2
    
89.                         printf "%-10s: %s\n" "--Edis" "use $2 for isostat -Edis argument"
    
90.                 else
    
91.                         printf "%-10s: %s\n" "--Edis" "invalid --Edis argument, this will be ignored"
    
92.                 fi
    
93.                 shift
    
94.                 ;;
    
95.         --Gdis) # set Gdis for isostat
    
96.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
    
97.                         Gdis=$2
    
98.                         printf "%-10s: %s\n" "--Gdis" "use $2 for isostat -Gdis argument"
    
99.                 else
    
100.                         printf "%-10s: %s\n" "--Gdis" "invalid --Gdis argument, this will be ignored"
     
101.                 fi
     
102.                 shift
     
103.                 ;;
     
104.         --temp) # set temperature for isostat
     
105.                 if [[ $2 =~ ^[0-9]+\.[0-9]+$ ]]; then
     
106.                         temperature=$2
     
107.                         printf "%-10s: %s\n" "--temp" "use $2 for isostat -T argument"
     
108.                 else
     
109.                         printf "%-10s: %s\n" "--temp" "invalid --temp argument, this will be ignored"
     
110.                 fi
     
111.                 shift
     
112.                 ;;
     
113.         --clean) # auto clean
     
114.                 if [[ $2 =~ ^[0-2]$ ]]; then
     
115.                         clean=$2
     
116.                         case $clean in
     
117.                         0)
     
118.                                 printf "%-10s: %s\n" "--clean" "keep all files"
     
119.                                 ;;
     
120.                         1)
     
121.                                 printf "%-10s: %s\n" "--clean" "keep only the final result of each step"
     
122.                                 ;;
     
123.                         2)
     
124.                                 printf "%-10s: %s\n" "--clean" "delete all intermediate files"
     
125.                                 ;;
     
126.                         esac
     
127.                 else
     
128.                         printf "%-10s: %s\n" "--clean" "invalid --clean argument, this will be ignored"
     
129.                 fi
     
130.                 shift
     
131.                 ;;
     
132.         --)
     
133.                 shift
     
134.                 break
     
135.                 ;;
     
136.         --help)
     
137.                 printHelp
     
138.                 exit 0
     
139.                 ;;
     
140.         -h)
     
141.                 printHelp
     
142.                 exit 0
     
143.                 ;;
     
144.         -1)
     
145.                 skip1=1
     
146.                 printf "%-10s: %s\n" "-1" "skip step 1 (GFN0-xTB optimization)"
     
147.                 ;;
     
148.         -2)
     
149.                 skip2=1
     
150.                 printf "%-10s: %s\n" "-2" "skip step 2 (GFN2-xTB optimization)"
     
151.                 ;;
     
152.         -3)
     
153.                 skip3=1
     
154.                 printf "%-10s: %s\n" "-3" "skip step 3 (molclus)"
     
155.                 ;;
     
156.         *)
     
157.                 echo "$1 is not an option"
     
158.                 ;;
     
159.         esac
     
160.         shift
     
161. done

复制代码

接下来根据不同的选项情况，检查文件是否都已提供

1. 
   
2. # check if all files provided
   
3. printf "\n%s\n%45s\n%s\n" "$divideLine" "Check files" "$divideLine"
   
4. allFilesProvided=1
   
5. 
   
6. if [ -f "$1" ]; then
   
7.         inputFile="$1"
   
8.         printf "%-30s: found %s\n" "Input file" "$1"
   
9. else
   
10.         printHelp
    
11.         exit 1
    
12. fi
    
13. if [ $inputTraj -ne 1 ]; then
    
14.         # if md settings file not exists, input and save to md.inp or specified file
    
15.         if [ ! -e "$mdFile" ]; then
    
16.                 check=N
    
17.                 until [[ "$check" == [Yy] ]]; do
    
18.                         echo "Please provide the following parameters:"
    
19.                         read -r -p "Temperature (K): " temp
    
20.                         read -r -p "Total simulation time (ps): " time
    
21.                         read -r -p "Dump frequency (fs): " dump
    
22.                         read -r -p "Step size (fs): " step
    
23.                         cat >"$mdFile" <<-EOF
    
24.                                 \$md
    
25.                                     temp=$temp
    
26.                                     time=$time
    
27.                                     dump=$dump
    
28.                                     step=$step
    
29.                                     hmass=1
    
30.                                     shake=1
    
31.                                 \$end
    
32.                         EOF
    
33.                         printf "%s\n" "$divideLine"
    
34.                         read -r -p "Is ok? (Y/N) " check
    
35.                 done
    
36.                 printf "%s\n" "$divideLine"
    
37.         fi
    
38.         printf "%-30s: found %s\n" "MD settings" "$mdFile"
    
39. fi
    
40. if [ $skip3 -ne 1 ]; then
    
41.         # check if settings.ini is provided
    
42.         printf "%-30s: " "Molclus settings"
    
43.         if [ -f "settings.ini" ]; then
    
44.                 printf "found settings.ini\n"
    
45.         else
    
46.                 printf "missing\n"
    
47.                 allFilesProvided=0
    
48.         fi
    
49.         # check if template.gjf is provided
    
50.         printf "%-30s: " "Molclus template"
    
51.         if [ -f "template.gjf" ]; then
    
52.                 printf "found template.gjf\n"
    
53.                 if [ -e template2.gjf ]; then
    
54.                         printf "%-30s: found template2.gjf" "Molclus template2"
    
55.                 fi
    
56.         else
    
57.                 printf "missing\n"
    
58.                 allFilesProvided=0
    
59.         fi
    
60.         # check if template_SP.inp or template_SP.gjf is provided
    
61.         printf "%-30s: " "Molclus template_SP"
    
62.         if [ -f "template_SP.inp" ]; then
    
63.                 printf "found template_SP.inp\n"
    
64.                 spTemplate=template_SP.inp
    
65.         elif [ -f "template_SP.gjf" ]; then
    
66.                 printf "found template_SP.gjf\n"
    
67.                 spTemplate=template_SP.gjf
    
68.         else
    
69.                 printf "missing\n"
    
70.                 spTemplate=""
    
71.                 check=N
    
72.                 read -r -p "Warning: Single point energy is not calculated. Continue? (Y/N) " check
    
73.                 if [[ "$check" != [Yy] ]]; then
    
74.                         allFilesProvided=0
    
75.                 fi
    
76.         fi
    
77. fi
    
78. if [ $allFilesProvided -eq 0 ]; then
    
79.         printf "\nMissing file(s). Aborted.\n"
    
80.         exit 1
    
81. else
    
82.         echo "All files provided. Submit to slurm."
    
83. fi

复制代码

提交部分，通过here document给sbatch提供运行脚本，一直到最后的EOF。此处设置了任务资源以及输出重定向到consearch.log和xtb需要的export。

1. # submit to slurm
   
2. sbatch <<EOF
   
3. #!/bin/bash
   
4. #SBATCH -J "consearch"
   
5. #SBATCH -n $cpu
   
6. #SBATCH --mem $mem
   
7. 
   
8. # save to consearch.log
   
9. exec 1>consearch.log
   
10. 
    
11. export OMP_NUM_THREADS=$cpu # CPU cores for xtb
    
12. export MKL_NUM_THREADS=$cpu # CPU cores for xtb
    
13. export OMP_STACKSIZE=$omp_stacksize # memory for xtb

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检查命令是否都可用，如果否，中止并报错。

1. 
   
2. # check commands are available
   
3. printf "\n%s\n%47s\n%s\n" "$divideLine" "Check Commands" "$divideLine"
   
4. commandsUnavailable=0
   
5. commands=("$xtb" "$crest" "$molclus" "$isostat")
   
6. for cmd in "\${commands[@]}"; do
   
7.         if ! command -v "\$cmd" &>/dev/null; then
   
8.                 printf "Check %-15s: Unavailable\n" "\$cmd"
   
9.                 commandsUnavailable=$((commandsUnavailable + 1))
   
10.         else
    
11.                 printf "Check %-15s: OK\n" "\$cmd"
    
12.         fi
    
13. done
    
14. if [ \$commandsUnavailable -gt 0 ]; then
    
15.         printf "\n%s\n" "$divideLine"
    
16.         printf "Aborted because %d command(s) are not available, please check if environment variables have been added\n" \$commandsUnavailable
    
17.         exit 1
    
18. else
    
19.         printf "All commands are available. Begin conformation search.\n"
    
20. fi

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如果没有使用--traj选项，则调用xtb跑动力学，否则直接使用输入的轨迹文件

1. # if trajectory is not provided, generate it by xtb
   
2. printf "\n%s\n%50s\n%s\n" "$divideLine" "Trajectory generation" "$divideLine"
   
3. if [ $inputTraj -ne 1 ]; then
   
4.         mkdir -p 00
   
5.         cp -f $mdFile 00/
   
6.         cp -f \$inputFile 00/
   
7.         cd 00
   
8.         $xtb \$inputFile --input "$mdFile" --omd --gfn 0 -P $cpu
   
9.         wait
   
10.         cd ..
    
11.         cp -f 00/xtb.trj 00result.xyz
    
12.         inputFile=00result.xyz
    
13.         echo "Final result is 00result.xyz"
    
14. else
    
15.         echo "Trajectory file profided."
    
16.         inputFile=\$inputFile
    
17. fi

复制代码

在没有-1选项时，通过crest跑GFN0-xtb优化

1. # step 1: use crest to optimize under GFN0-xTB
   
2. if [ $skip1 -ne 1 ];then
   
3.         printf "\n%s\n%50s\n%s\n" "$divideLine" "GFN0-xTB Optimization" "$divideLine"
   
4.         mkdir -p 01
   
5.         cp -f \$inputFile 01/traj.xyz
   
6.         cd 01
   
7.         $crest -mdopt traj.xyz -chrg $chrg -uhf $uhf -gfn 0 -opt normal -T $cpu
   
8.         wait
   
9.         $isostat crest_ensemble.xyz -Edis $Edis -Gdis $Gdis -nt $cpu -T $temperature
   
10.         wait
    
11.         cd ..
    
12.         cp -f 01/cluster.xyz 01result.xyz
    
13.         inputFile=01result.xyz
    
14.         copy -f 01result.xyz final.xyz
    
15.         echo "Final result is 01result.xyz"
    
16. fi
    

复制代码

在没有-2选项时，通过crest跑GFN2-xtb优化

1. # step 2: use crest to optimize under GFN2-xTB
   
2. if [ $skip2 -ne 1 ];then
   
3.         printf "\n%s\n%50s\n%s\n" "$divideLine" "GFN2-xTB Optimization" "$divideLine"
   
4.         mkdir -p 02
   
5.         cp -f \$inputFile 02/traj.xyz
   
6.         cd 02
   
7.         if [ -n $solvent ];then
   
8.                 $crest -mdopt traj.xyz -chrg $chrg -uhf $uhf -gfn 2 -opt normal --gbsa $solvent -T $cpu
   
9.         else
   
10.                 $crest -mdopt traj.xyz -chrg $chrg -uhf $uhf -gfn 2 -opt normal -T $cpu

复制代码

在没有-3选项时，调用molclus

1. # step 3 use molclus with Gaussian to optimize and calculate energy
   
2. if [ $skip3 -ne 1 ];then
   
3.         printf "\n%s\n%43s\n%s\n" "$divideLine" "Molclus" "$divideLine"
   
4.         mkdir -p 03
   
5.         cp -f \$inputFile 03/03traj.xyz
   
6.         cp -f settings.ini 03/
   
7.         cp -f template.gjf 03/
   
8.         if [ -e template2.gjf ];then
   
9.                 cp -f template2.gjf 03/
   
10.         fi
    
11.         if [ -n $spTemplate ];then
    
12.                 cp -f $spTemplate 03/
    
13.         fi
    
14.         cd 03
    
15.         $molclus settings.ini 03traj.xyz
    
16.         wait
    
17.         $isostat isomers.xyz -Nout $Nout -Eout $Eout -Edis $Edis -Gdis $Gdis -nt $cpu -T $temperature
    
18.         wait
    
19.         cd ..
    
20.         cp -f 03/cluster.xyz final.xyz
    
21.         echo "Final result is final.xyz"
    
22. fi

复制代码

最后根据--clean选项的参数自动清理。最后一行EOF结束here document，完成sbatch命令。

1. 
   
2. # auto clean
   
3. folders=("00" "01" "02" "03")
   
4. files=("00result.xyz" "01result.xyz" "02result.xyz")
   
5. if [ $clean -ge 1 ]; then
   
6.         # delete intermediate file
   
7.         for folder in "\${folders[@]}"; do
   
8.                 if [ -d "\$folder" ]; then
   
9.                         rm -rf "\$folder"
   
10.                 fi
    
11.         done
    
12. fi
    
13. if [ $clean -ge 2 ]; then
    
14.         # also delete results of each step
    
15.         for file in "\${files[@]}"; do
    
16.                 if [ -f "\$file" ]; then
    
17.                         rm "\$file"
    
18.                 fi
    
19.         done
    
20. fi
    
21. EOF

复制代码