molclus构象搜索中水分子参与的配合物是否需要考虑水溶剂模型的影响？

qaqfdmmj · 发表于 Post on 2024-4-10 14:26:18

我是做铁、有机酸及磷酸根的复合体系的相关实验，考虑的是我的实验条件下（如前）是否会生成Fe-有机酸-磷酸根三元配合物，前人文献在类似体系下考虑了三价铁离子的六配位中其中三配位是水分子，我在初步估计配合物组成时参考了这一点，然后按照使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)以及其他一些sob老师相关的博文范例中的步骤进行构象搜索并优化，那么我在优化以及计算能量时是否还需要考虑溶剂模型呢？我的想法：是不是水分子已经作为配体，且溶剂本身为水，实际上该配合物的相关计算已经考虑到了溶剂，因此可能不需要再考虑显式/隐式溶剂模型？求解惑……
ps：在molclus中联用xtb进行构象优化/计算时是直接使用gfn2&PWPB95-D3(BJ)即可还是在计算能量时需要自定义过渡金属的基组（如铁使用LANL2TZ赝势）
****如有表述不清辛苦指出

dzdhp · 发表于 Post on 2024-4-10 15:19:23

你这个应该显示和隐式一起用吧

qaqfdmmj · 发表于 Post on 2024-4-10 15:51:25

dzdhp 发表于 2024-4-10 15:19
你这个应该显示和隐式一起用吧

请问这是要在配合物周围都放上水分子吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-10 17:49:41

你画结构的时候只考虑了第一配位层的水分子，没有考虑更外面的水分子。隐式溶剂模型是为了描述后者的，所以你画了水分子不代表就可以不用隐式溶剂模型了
只有给出PWPB95-D3(BJ)搭配的是什么基组，才能回答你的第二个问题，PWPB95-D3(BJ)只是泛函的名字，如果它本来搭配的基组就已经能把你的过渡金属算准了，那就不需要自定义基组，否则需要

qaqfdmmj · 发表于 Post on 2024-4-11 12:40:56

wzkchem5 发表于 2024-4-10 17:49
你画结构的时候只考虑了第一配位层的水分子，没有考虑更外面的水分子。隐式溶剂模型是为了描述后者的，所以 ...

原来隐式是这个作用，明白了……以及我使用的基组后续也进行自定义了，CHOP用def-TZVP，Fe用SDD赝势基组（主要不知道怎么定义Lanl2tz），老师你看这个级别对于优化和计算单点能合理吗

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