关于团簇建模，边缘饱和原子如何选取？

Xxxxxxi · 发表于 Post on 2024-6-29 21:53:08

各位老师好，对于建模时团簇边缘饱和，如何选取饱和基团或原子，需要从哪些方面考量，有什么标准参考吗？
像下图中的这两个MOFs的SBUs结构，拓扑结构一致仅仅是配体的不同，出于缩减计算量考虑，想把右图圈内片段用-CH3取代，那么左侧的圈内片段，用什么取代比较合适？
如果都用-CH3，二者就会没有区别，但在周期性结构中，配体的改变已经影响到了MOFs周期性孔道的大小和特性，在最大可能维持原结构特性的情况下减小计算体系，怎么平衡这个问题？

乐平 · 发表于 Post on 2024-6-29 23:58:52

你贴图的两个结构边缘已经饱和了啊，还饱和什么呢……

Xxxxxxi · 发表于 Post on 2024-6-30 20:48:58

乐平发表于 2024-6-29 23:58
你贴图的两个结构边缘已经饱和了啊，还饱和什么呢……

我是把边缘饱和过了，但体系太大，我想把圈内的片段替换掉，用更小的基团饱和，比如右图中的结构，我想用-CH3甲基替代对苯二甲酸，左图结构，如果替换的话用什么基团合适？

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[建模与可视化] 关于团簇建模，边缘饱和原子如何选取？