求助体系中中含有多个A分子，如何在top文件中只对一部分A分子施加位置限制

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-7-8 14:36:01

想请教一下大家，如果我体系中有22个A分子，想对其中的21个分子施加位置限制，另外一个不施加位置限制，该如何在top文件中实现。
之前对22分子全部施加位置限制的top文件如下，想请教一下大家该如何实现只对其中的21个分子施加位置限制。
#include "/home/SimulationParameterDocuments/gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"
#include "/home/SimulationParameterDocuments/Amolecule.itp"
; Drugmolecule position restraints
#ifdef POSRES
#include "/home/SimulationParameterDocuments/ARestrain.itp"
#endif
#include "/home/SimulationParameterDocuments/B.itp"
#include "/home/SimulationParameterDocuments/C.itp"
#include "/home/SimulationParameterDocuments/gromos54a7_atb.ff/spc.itp"

[ system ]
SystemDrugCluster-H2O-2

[ molecules ]
MOL       22
BPG          800
CPG          800
SOL          50000

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-8 15:01:30

See http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/06_equil.html for a detailed example.

Briefly,
1. Create an index group with "gmx make_ndx",
2. Use "gmx genrestr" and select the index group to produce the position restrain itp
3. Include the position restraint itp in the top file.

凉才快 · 发表于 Post on 2024-7-8 15:19:06

位置限制可以在itp文件里加:
[ position_restraints ]
; atom  type    fx    fy    fz
101(原子序号)    1  1000  1000  1000
如果完全固定坐标，可以在index文件里加
[ 组名 ]
原子序号
在mdp文件里加
freezegrps  = 组名
freezedim = Y Y Y
constraints = hbonds

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-8 15:20:05

跑MD之前的话，你可以把目标不限定位置的分子A名字改成分子B，分开引入gro和top文件，你其他21个都用的MOL，剩下那个写个NOL啥的，其他都一样，然后位置限制的ITP就写MOL的就行。

个人感觉会比ndx分组简单点。

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-8 23:23:34

你是对单个A分子产生的[moleculetype]，而位置限制是在[moleculetype]里指定的，所以带位置限制和不带位置限制的A分子必须分成两个不同的[moleculetype]

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-7-9 14:21:53

谢谢大家的回答。我在top文件里把A分子分成两类试一下

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[GROMACS] 求助 体系中中含有多个A分子，如何在top文件中只对一部分A分子施加位置限制

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