gaussian结构优化计算之后分子结构变了

1814 · 发表于 Post on 2024-7-27 02:48:41

本帖最后由 1814 于 2024-7-27 02:47 编辑

                                                                     Translator







老师您好，我想请问一下哈，我用chemdraw画好以后，保存为mol格式文件放进Gaussian 16中，点了几下那个“clean”的小扫把就开始计算了。
计算方法：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity。
gif文件中的整体结构式正常，可是计算完以后的chk文件中，N16接的一个六元的哌嗪环的结构式特别奇怪。

请问老师，我该怎么办呀，求求@.@

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-7-27 02:52:19

氢原子数错了

1814 · 发表于 Post on 2024-7-27 12:39:06

wzkchem5 发表于 2024-7-27 02:52
氢原子数错了

谢谢老师的回复！！！Thanks♪(･ω･)ﾉ
对哦对哦，好奇怪，我用chemdraw画的结构，为啥计算以后会多出来一个氢原子哈

1814 · 发表于 Post on 2024-7-27 12:40:20

wzkchem5 发表于 2024-7-27 02:52
氢原子数错了

我再算一下哈

乐平 · 发表于 Post on 2024-7-27 14:25:22

1814 发表于 2024-7-27 12:39
谢谢老师的回复！！！Thanks♪(･ω･)ﾉ
对哦对哦，好奇怪，我用chemdraw画的 ...

干嘛非要用 ChemDraw 来画分子结构然后再转换成 gjf 文件……

GaussView 直接建分子模型很方便，何况你的分子结构又不复杂。

GaussView 自带环状结构建模模板，你的分子结构里都有模板，稍稍做原子替换就行。建模一两分钟的事。

1814 · 发表于 Post on 2024-7-29 09:54:03

乐平发表于 2024-7-27 14:25
干嘛非要用 ChemDraw 来画分子结构然后再转换成 gjf 文件……

GaussView 直接建分子模型很方便，何况 ...

谢谢老师的指导！！！

Thanks♪(･ω･)ﾉ

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[新手求助] gaussian结构优化计算之后分子结构变了