使用VMD中的topo模块构建 .data, .psf, .top文件

vimalakirti_lee · 发表于 Post on 2021-3-10 11:47:46

Lacrimosa 发表于 2021-3-3 11:58
coeffs参数需要自己添加进去，
bondtype的编号是可以自己设定的addbond $id1 $id2 -bondtype 1
其他的 ...

谢谢Lacrimosa，我试试~

vimalakirti_lee · 发表于 Post on 2021-3-10 11:48:08

爱模拟的bao 发表于 2021-3-2 19:51
在吗？想问下你做那个tcl脚本定义了键角啥的吗？

看14楼哈~

shengcan · 发表于 Post on 2021-3-17 11:31:31

老师们，用此方法生成data文件的时候，是不是都得删除原来的键以及二面角等拓扑信息，重新赋予？那这样我原来的结构不就没了么。（我是聚合物交联模型，交联度得满足一定比例）

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-17 12:09:18

shengcan 发表于 2021-3-17 11:31
老师们，用此方法生成data文件的时候，是不是都得删除原来的键以及二面角等拓扑信息，重新赋予？那这样我原 ...

聚合物可能直接用guessbonds比较好

luyao · 发表于 Post on 2021-9-16 15:52:34

jackie 发表于 2017-2-13 19:08
没想到没有那么复杂：）谢谢你。那如你所说可以使用lammps里的amber2lmp和ch2lmp工具可以转换，您可不可以 ...

您好老师，能向您请教一下amber文件怎么转化为lammps能识别的格式吗？是将amber2lmp编译后就可以把prmtop文件转化成lammps可识别的形式了吗？

wn2022 · 发表于 Post on 2022-6-8 17:01:59

为啥我重复water.pdb 这个案例不成功呢？一直报如图片错误。请老师看看什么原因呢？

sigusigu · 发表于 Post on 2022-12-1 16:18:30

wn2022 发表于 2022-6-8 17:01
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

要么是你没有用管理员权限运行VMD，要么是你没有把pdb文件放到默认路径文件夹里

neocc · 发表于 Post on 2023-1-10 17:22:17

请问大佬，如果是高分子长链用gmx solvate命令让其溶剂化，然后用vmd的topo功能可否生成整体的data文件呢？
还有水的模型可以换成tip3p或tip4p吗

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[综合交流] 使用VMD中的topo模块构建 .data, .psf, .top文件