求助用Gaussian计算苯环转移过程中的能量变化

ycmingjing · 发表于 Post on 2024-8-14 10:30:59

你好，各位老师，我想计算的是：红框中的部分苯环从C5转移到C6这个过程中能量变化，这个是不是可以用高斯的势能面扫描的方法来计算？如何设置参数，我只会键旋转和分子直线移动这种势能面扫描的方法。如果不能用势能面扫描，是不是需要用过渡态搜索的方法？

wjc404 · 发表于 Post on 2024-8-14 11:23:18

你是想算热力学量（焓/熵/自由能）的变化，还是想看动力学的信息（过渡态结构/活化自由能）？把具体的需求描述清楚。

dnlx · 发表于 Post on 2024-8-14 11:28:57

标题不准确。

这个反应是1,2重排反应，重排步骤的反应物是碳正离子或者自由基，可以查有机化学教材或资料。你现在假定中性分子直接重排，即使确实是单步反应（而不是先均裂再加成）、并且找到了过渡态，对应的能垒也会非常高，不会是有意义的反应步骤。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2024-8-14 11:40:46

dnlx 发表于 2024-8-14 11:28
标题不准确。

这个反应是1,2重排反应，重排步骤的反应物是碳正离子或者自由基，可以查有机化学教材或资 ...

但6号碳原子似乎只连了1个氢？如果这样的话就是自由基了

ycmingjing · 发表于 Post on 2024-8-14 13:18:17

wjc404 发表于 2024-8-14 11:23
你是想算热力学量（焓/熵/自由能）的变化，还是想看动力学的信息（过渡态结构/活化自由能）？把具体的需求 ...

我就是想看这个过程的能量变化，就像势能面扫描那样的能量

ycmingjing · 发表于 Post on 2024-8-14 13:19:44

北大-陶豫发表于 2024-8-14 11:40
但6号碳原子似乎只连了1个氢？如果这样的话就是自由基了

就是个自由基，这是整个反应中间步，不全

dnlx · 发表于 Post on 2024-8-14 21:52:29

抱歉，从键角看以为6背后还有一个氢。

反应物自由基的5、6、8、21原子应该几乎在一个平面上，产物1、5、6、20也几乎在一个平面上，过渡态二者稍微调一下，A基团在屏幕背面，5、7、6是等腰三角形，腰长大概1.9埃，初猜很好摆。

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-15 00:58:51

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gaussian软件计算方法求助” 改了，以后务必注意！

ycmingjing · 发表于 Post on 2024-8-16 10:22:30

dnlx 发表于 2024-8-14 21:52
抱歉，从键角看以为6背后还有一个氢。

反应物自由基的5、6、8、21原子应该几乎在一个平面上，产物1、5、 ...

也就是这个只能用搜寻过渡态的方法来做，简单势能面扫描不可以

ycmingjing · 发表于 Post on 2024-8-16 10:22:43

sobereva 发表于 2024-8-15 00:58
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确清楚、准 ...

谢谢

dnlx · 发表于 Post on 2024-8-16 22:44:38

ycmingjing 发表于 2024-8-16 10:22
也就是这个只能用搜寻过渡态的方法来做，简单势能面扫描不可以

读http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html第1节。

你的问题一定需要找过渡态；势能面扫描能得到过渡态初猜，但是太耗时，而且找到初猜之后仍然需要继续优化。

因为你想知道过程中的能量变化，也需要对优化后的反应物和产物计算能量。如果需要知道能量轨迹，需要跑IRC，而不是柔性扫描。

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