过渡态能量比反应物能量更低

wxl-AOPS

求问各位老师，我做出来的过渡态能量比反应物能量更低。计算过程及文件如下：

过渡态计算：先进行过渡态寻找，再进行IRC分析，方法与基组为B3LYP/6-311g**
过渡态搜索及频率计算：opt=(modRedundant,ts,calcall, notrust,maxcycle=500,noeigen,tight) freq b3lyp/6-311g(d,p) int=ultrafine scrf=(smd,solvent=water) empiricaldispersion=gd3
单点能计算：b3lyp/def2QZVPP scrf=(smd,solvent=water) empiricaldispersion=gd3

反应物优化及能量计算：在B3LYP/6-311g**的基础上进行频率计算，再在b3lyp/def2QZVPP的基础上进行单点能计算，最后利用shermo软件进行计算
优化及频率计算：opt freq b3lyp/6-311g** scrf=(smd,solvent=water) empiricaldispersion=gd3
单点能计算： b3lyp/def2QZVPP scrf=(smd,solvent=water) empiricaldispersion=gd3

shermo计算：温度为298.13k，校正因子为0.9640

采用shermo计算得到的过渡态能量比反应物能量和要低，直接读取频率计算结果的却与之相反，结果如图
这种问题该做如何处理？

sobereva

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

看上文末尾，弄清楚Shermo和Gaussian直接输出的热力学量的差异在哪

wxl-AOPS

sobereva 发表于 2024-10-11 19:40
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsc ...

感谢sob老师，我读书只读了一半, shermo输出能量与gaussian不同的情况已经了解。还有几个问题：
1. 过渡态的虚频一般在100以上，是否可以直接利用shermo来进行计算能量？
2. 在上面我的计算结果中，我用频率计算文件中的校正值与单点能相加，得到的过渡态能量依然小于反应物能量之和，差值为-60.35 kcal/mol，这种情况是属于有反应物络合物即中间体的情况？

sobereva

wxl-AOPS 发表于 2024-10-11 22:14
感谢sob老师，我读书只读了一半, shermo输出能量与gaussian不同的情况已经了解。还有几个问题：
1. 过渡 ...

1跟过渡态虚频大小没关系。都可以用Shermo

2 先弄清楚电子能垒是多少

起个名字

用B3LYP/6-31+G(D,P)计算的，供参考：https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 0ba81740a08dc1bd806