计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 140|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求硝酸根GAFF力场参数

[复制链接 Copy URL]

101

帖子

0

威望

451

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

请问硝酸根的GAFF力场参数可以用sobtop生成吗,或者有什么文献可以推荐一下吗

1376

帖子

0

威望

3984

eV
积分
5360

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-10-22 12:37:38 | 只看该作者 Only view this author
请看介绍sobtop的例子

例2:产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件:参数完全基于GAFF的
又菜又爱玩

101

帖子

0

威望

451

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-22 14:02:00 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2024-10-22 12:37
请看介绍sobtop的例子

例2:产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件:参数完全基于GAFF的

万分感谢,我主要是不确定sobtop是否可以生成这种离子参数

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-10-23 12:42:48 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2024-10-22 14:02
万分感谢,我主要是不确定sobtop是否可以生成这种离子参数

硫酸根、硝酸根、铵根等等任何多原子离子的拓扑信息原理上都可以用sobtop产生。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里有个水中硫酸根+硝酸根+铵根的模拟例子,都是sobtop产生的拓扑信息(GAFF力场+RESP2(0.5)电荷),表现得很好


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

101

帖子

0

威望

451

eV
积分
552

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-25 16:47:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-23 12:42
硫酸根、硝酸根、铵根等等任何多原子离子的拓扑信息原理上都可以用sobtop产生。北京科音分子动力学与GROM ...

感谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:38 , Processed in 0.178422 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list