对模拟后的结果make_ndx后如何绘制RMSF图

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-10-23 09:17:47

在对两个蛋白质对接后进行了50 ns的分子动力学模拟，想用make_ndx将单个蛋白质提取出来分别分析。
我的操作代码如下：
① gmx make_ndx -f em.gro -o LA.ndx
> 1 & r 1-122
> q

②绘制RMSF图
gmx rmsf -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -n LA.ndx -o LA_rmsf_temp.xvg -ox rmsf_avg.pdb -res -oq rmsf_bfac.pdb
但是我绘制出来的RMSF图出现两次1-122，如下图情况：想请教一下是哪步的处理出现了问题？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-10-23 09:53:20

看看原来复合物的pdb文件，是不是每条链都是从1开始编号的

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-10-23 10:10:17

Seyilaxa 发表于 2024-10-23 09:53
看看原来复合物的pdb文件，是不是每条链都是从1开始编号的

确实都是从1开始命名的，那请问我该如何选择其中一个蛋白的1-122残基呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-23 12:17:47

刘梦琪发表于 2024-10-23 10:10
确实都是从1开始命名的，那请问我该如何选择其中一个蛋白的1-122残基呢？

自己把第二个蛋白的残基序号统一加上特定值（如第一个蛋白质的最后一个残基号）就完了

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-10-23 12:55:22

sobereva 发表于 2024-10-23 12:17
自己把第二个蛋白的残基序号统一加上特定值（如第一个蛋白质的最后一个残基号）就完了

好的，感谢sob老师

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