求助：GROMACS+Sobtop模拟蛋白-金属配合物的初始结构问题

YuhangYao · 发表于 Post on 2024-10-26 16:03:23

求助各位大佬，我在模拟一个蛋白-金属配合物相互作用时，用pdb2gmx处理蛋白pdb，产生pro.gro，用Sobtop处理金属配位产生金属配合物的metal.gro，再把这两个gro组合成complex.gro时发现，由于pdb2gmx蛋白pdb是会改变其坐标，Sobtop也会改变金属配合物（但是原子少，好处理）。最终生成complex.gro中，蛋白与金属配合物离的非常远，而非原先通过docking得到的结构。

该怎么处理这个情况？查了很多教程，好像都没有提到分开处理蛋白和小分子再组合的初始结构问题。

sob老师在这个帖子里提到“甭管gro文件，又用不上”，难道组合得到的complex.gro不是模拟的初始结构吗？还是用别的作为模拟的初始结构？
关于sobtop构建金属蛋白以及配体的疑问 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-10-26 16:44:45

gro文件本质上就是xyz文件吧。那你把gro里的坐标手动替换成docking得到的结构的坐标，这样可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-26 23:03:03

gro和pdb都可以给grompp提供原子坐标、原子名、残基名等信息，没必要还额外产生gro文件，直接拿原本的pdb文件用就完了（只需要保证pdb文件里的原子顺序和拓扑信息严格对应即可）

YuhangYao · 发表于 Post on 2024-10-28 14:45:57

sobereva 发表于 2024-10-26 23:03
gro和pdb都可以给grompp提供原子坐标、原子名、残基名等信息，没必要还额外产生gro文件，直接拿原本的pdb文 ...

感谢回复，被这些教程给搞晕了，确实可以直接用pdb文件！

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