求助如何提高gaussian计算效率

Sally-L

背景：在Michigan、Minnesota、Ohio三台服务器上对C60分子分别进行了SCF、TD和Freq的并行效率测试（方法参考：高斯软件并行效率再测（2017.1） - 硬件配置与采购 (Hardware Configuration and Procurement) - 计算化学公社 (keinsci.com) ），以比较不同硬件配置下的计算性能。三种计算的关键词如下：

SCF：# b3lyp/6-311g(d) nosymmetry

TD：# td=(nstates=10) b3lyp/6-311g(d) nosymmetry

Freq：# freq b3lyp/6-311g(d) nosymmetry

测试环境如下:

① Michigan

硬件：Dual Intel(R) Xeon(R) CPUE5-2670 v3 @ 2.30GHz Max Speed: 4000 MHz

内存：4*HMA42GR7MFR4N-TF 2666 MHz 共64GB

硬盘：PERCH730P Adp 1.8T ST600MM0088 600GB*4

设备：DELLPowerEdge R730 SN: C1GZL82

软件： CentOS release 6.5 (Final),Gaussian 16

核数：24

② Minnesota

硬件：Dual Intel(R) Xeon(R) CPUE7-4820 v2 @ 2.00GHz Max Speed: 3600 MHz

内存：32* SKM393B1K70DH0-YH9  8GB 共256GB

硬盘：PERCH730P Adp 8.7T ST1200MM0088&ST1200MM0099 1.2TB*10

SAMSUNG SSD PM87 238.5G

设备：DELLPowerEdge R920 SN: F1HWG32

软件：CentOSLinux release 7.9.2009 (Core) , Gaussian 16

核数：32

③ Ohio

硬件：DualIntel(R) Xeon(R) CPU E7-4820 v3 @ 1.90GHz Max Speed: 4000 MHz

内存：16* SKHMA42GR7AFR4N-UH  16GB 共256GB

硬盘：PERCH730P Adp 10T PERC H730P Adp 8.7T ST1200MM0088 1.2TB*10

设备：DELLPowerEdge R930 14L6TF2

软件：CentOSrelease 6.8 (Final) , Gaussian 16

核数：40

计算结果如下：并行效率和运算速度依次如图片所示。

问题：随着核数的增加，运算速度增长缓慢，并行效率下降很快，请问在此系统和硬件条件下，还有什么方法可以提高计算效率？

sobereva

没法提升
体系不够大、任务不够重型的情况下跑成什么样就是什么样

shaozhenwu

不知道这个除了提升硬件设备之外还有没有其他方法

Sally-L

sobereva 发表于 2024-10-30 02:14
没法提升
体系不够大、任务不够重型的情况下跑成什么样就是什么样

谢谢老师，不过体系不够大、任务不够重型是什么意思，没有太懂

tiandikuoyuan

这种CPU全核睿频的时候频率比较低，单个核运行的频率高很多所以负载小的时候计算速度很快，一旦满载速度就降下来了。Gaussian 16能在CentOS6上运行吗，不清楚v3cpu怎么安装这么老的系统。一台机子同时运行多个Gaussian任务，可以尝试绑定cpu

Sally-L

tiandikuoyuan 发表于 2024-11-7 09:38
这种CPU全核睿频的时候频率比较低，单个核运行的频率高很多所以负载小的时候计算速度很快，一旦满载速度就 ...

请问怎么绑定CPU，我不太了解

yaonaite

Sally-L 发表于 2024-12-12 11:06
请问怎么绑定CPU，我不太了解

关键字%CPU，指定用哪些核

Sally-L

yaonaite 发表于 2024-12-12 11:21
关键字%CPU，指定用哪些核

好的谢谢