gromacs可以使用初始位置速度文件续跑吗

1154975925 · 发表于 Post on 2024-10-29 23:05:58

本帖最后由 1154975925 于 2024-10-29 23:07 编辑

我目前有平衡后蛋白质的.coor，vel，xsc文件，然后有一个加了水和离子的pdb文件，我能否用这个来进行gromacs模拟呢，因为这个.coor，.vel，.xtc文件是namd得来的，但是namd模拟速度实在太慢了，我想用gromacs进行模拟，不知道可不可行，下图是我NAMD平衡后的文件

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-10-29 23:40:35

不同程序的文件当然不能混用

用pdb文件在gromacs重新搭体系再平衡也就最多半小时的事

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[GROMACS] gromacs可以使用初始位置速度文件续跑吗