amber生成拓扑出现错误求助

teacher7 · 发表于 Post on 2024-10-31 20:06:54

各位专家，我在amber中生成拓扑，输入了以下命令，出现这个错误，应该怎么解决？

source leaprc.protein.ff14SB

source leaprc.water.spce

free = loadpdb1aki.amber.pdb

solvateBox free TIP3PBOX 14.0

addIons free Cl- 0

saveamberparm free free_solvated.prmtop free_solvated.inpcrd

quit

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-31 20:12:17

loadpdb 是否少了个空格？

teacher7 · 发表于 Post on 2024-10-31 20:36:39

student0618 发表于 2024-10-31 20:12
loadpdb 是否少了个空格？

source leaprc.protein.ff14SB
老师你好，我把命令改成了这个，结果出现了更多的错误
source leaprc.water.tip3p
free = loadpdb 1aki.pdb
solvateBox free TIP3PBOX 14.0
addIons free Cl- 0
saveamberparm free free_solvated.prmtop free_solvated.inpcrd
quit

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-1 10:41:43

teacher7 发表于 2024-10-31 20:36
source leaprc.protein.ff14SB
老师你好，我把命令改成了这个，结果出现了更多的错误
source leaprc.wa ...

loadpdb 时有其他信息的，看看是哪残基出问题缺参数。

Huschein · 发表于 Post on 2024-11-5 23:44:36

蛋白先用pdbfixer或者pdb4amber修完再说，你这一看就是没修过的

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[Amber] amber生成拓扑出现错误求助