window 11上安装 VMD1.9.3导入cif文件后显示无法得到原子数目

carolyn

安装版本：VMD 1.9.3 Windows OpenGL、CUDA（Windows XP/Vista/7/8/10（32 位）与 OpenGL 和 CUDA）

安装路径：E:\ (安装后也没动过)
正常打开后直接往Main框中拖入了一个在mercury上显示正常的cif文件，但是在VMD上并没有办法查看，想请教一下大家是什么原因？与Windows的位数和版本有关吗？

具体情况：

Info) VMD for WIN32, version 1.9.3 (November 30, 2016)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info)    Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info)    Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 8 CPUs detected.
Info) Free system memory: 2210MB (53%)
Info) Creating CUDA device pool and initializing hardware...
Info) Detected 1 available CUDA accelerator:
Info) [0] GeForce MX350       5 SM_6.1 @ 1.47 GHz, 2.0GB RAM, KTO, AE5, ZCP
Info) OpenGL renderer: GeForce MX350/PCIe/SSE2
Info)   Features: STENCIL MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVFGS)
Info)   Full GLSL rendering mode is available.
Info)   Textures: 2-D (32768x32768), 3-D (16384x16384x16384), Multitexture (4)
Info) No joysticks found.  Joystick interface disabled.
Info) Dynamically loaded 75 plugins in directory:
Info) E:/plugins/WIN32/molfile
vmd > pdbxplugin) Could not get atom number

Uus/pMeC6H4-/キ

VMD 1.9.3版不支持cif文件导入，注意手册4.1节的文件格式说明，另外在社长博文http://sobereva.com/643用ctrl+F搜cif关键词也可以看到一些讨论。如果不想转换文件格式的话可以改用VESTA、Avogadro、GaussView等查看cif文件。

sobereva

Multiwfn载入cif后，用主功能100的子功能2转成pdb后可以用VMD看

Uus/pMeC6H4-/キ

sobereva 发表于 2024-11-9 07:26
Multiwfn载入cif后，用主功能100的子功能2转成pdb后可以用VMD看

社长您好，我刚刚发现后缀.cif的文件有两类，除了记录晶体结构的常规cif外还有记录大分子的PDBx/mmCIF文件（https://mmcif.wwpdb.org/）。Multiwfn有无计划支持加载后者呢？

比如，从https://pdbj.org/mine/summary/101m下载到的101m.cif文件就是mmCIF的格式，如附件1。
101m.cif (195.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2024-11-10 14:40 上传 Uploaded

点击下载
Click to download
附件1

试图用Multiwfn 3.8(dev) 2024-Oct-24 版打开，报错：

1. Error: Unable to find _cell_length_a field!

复制代码

仔细观察发现定义晶胞边长的字段写成了_cell.length_a的格式，虽然此字段不是必需但存在于数据库中超过90%的结构。

（编辑：另外，试图用Windows版GaussView 6.0.16加载，报错：

1. This file appears to be a macromolecular mmCIF file, as opposed to a "small molecule" cif file. GaussView 6.0 can read CIF files but cannot currently read mmCIF files.

复制代码

用VESTA 3.5.8倒是可以打开并读取到晶胞信息，但是没有通常表现蛋白质的那种Cartoon或者Ribbon风格。用Avogadro 1.2.0也可以打开并读取到晶胞信息，不过试图切换到Ribbon时没有显示，切换到Cartoon时会闪退。VMD 1.9.3有加载mmCIF->PDBX的选项，结果就是虽然常规cif无法打开但mmCIF可以正常打开。）

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-10 15:05
社长您好，我刚刚发现后缀.cif的文件有两类，除了记录晶体结构的常规cif外还有记录大分子的PDBx/mmCIF文 ...

mmCIF和一般意义的cif完全是两码事，格式截然不同，mmCIF这个名字很容易令人混淆。另外我也不喜欢mmCIF格式，很不紧凑，不打算令Multiwfn支持