求助：gromacs搭建溶液蛋白体系，如何让蛋白疏水区域不加水？

灵芝5

各位老师好：
       我想用gromacs跑一个溶液蛋白和其配体的模拟。用gmx solvate指令给体系加水后，发现蛋白的一些疏水区域（比如α螺旋和β片层之间）也加入了水。

        请问有什么办法能去除这些疏水区域中的水吗？或者在添加水时如何避免添加到这些区域？

谢谢！

Seyilaxa

在.gro里手动删除这几个水分子，在拓扑文件里修改水分子个数
不过如果水分子确实不会进入这些区域，平衡阶段或者跑一段模拟水分子大概率就会出去了

灵芝5

好的，谢谢啦！

sobereva

也可以在VMD里进入查询模式，查询它们的resid号，然后VMD保存新gro文件的时候用选择语句排除掉这几个水，比起手改gro更容易、更不容易出错
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

灵芝5

好的，谢谢SOB老师。

老师，我11月8号也发了一个帖子，关于蛋白质二面角项报错的，还没有人解答，麻烦老师帮忙看一下？谢谢啦。