cp2k运行AIMD设置NVT系综体系温度仍然持续升高问题

zaq1

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-31 13:08
我没用过你说的建模软件，不过把结构载入multiwfn之后可以先参考社长博文http://sobereva.com/610调整一 ...

好的我明白了，但是切面加了真空层的模型原本就是三维周期的，用multiwfn即使生成了二维周期计算的输入文件也会报错的，您的意思是用multiwfn把模型文件改为二维的吗，如果能改输入文件自然不是问题了

Uus/pMeC6H4-/キ

zaq1 发表于 2024-12-31 13:27
好的我明白了，但是切面加了真空层的模型原本就是三维周期的，用multiwfn即使生成了二维周期计算的输入文 ...

你是按http://sobereva.com/587进入创建CP2K输入文件的界面，然后用选项-7设定的XY周期性吗？具体是什么输入文件让CP2K报了什么错？

输入文件用文本编辑器是能修改，但鉴于其复杂性，不熟悉就最好别自己改动。我还是推荐报个CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）学一学。

zaq1

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-31 13:41
你是按http://sobereva.com/587进入创建CP2K输入文件的界面，然后用选项-7设定的XY周期性吗？具体是什么 ...

是的，按照-7设定的周期性，但是报错，报错显示如下，Index to radix array not found.

Uus/pMeC6H4-/キ

zaq1 发表于 2024-12-31 18:39
是的，按照-7设定的周期性，但是报错，报错显示如下，Index to radix array not found.

这个是因为基底太厚，用XY二维周期性时真空区也需要很大，z方向格点数量过多了。

那还是像原来那样用XYZ三维周期性好了，此时由于基底不是上下对称的，需要在-9 Other settings里用23 Set surface dipole correction开偶极校正。