针对利用chendraw进行建模时分子扭曲的一个解决办法

量化小王子

在使用Gassian进行理论计算时，普遍会首先使用chemdraw进行建模，然后保存成cdxml格式，再用chem3d打开，保存成gjf文件，最后再用Gaussian View保存一遍，就可以提交计算了。但是利用chemdraw构建COF模型，保存之后再用chem3D打开，结构会发生扭曲变形，这样的结构直接用作计算任务，不仅耗时增加而且特别容易报错。之前会使用XTB进行预优化，再进行计算。但是这个方法只针对变形不大的结构，一旦结构发生断键发生扭曲，XTB是无法解决的，因此我发现，可以使用在使用chemdraw建模之后选中分子，可以点击structure➡️3D Clean Up,或者直接按ctrl+shift+D，将分子变成三维结构，然后保存，再用chem3d打开。则分子几乎不发生扭曲，按照后续操作，直接可以提交计算。

sai77

chemoffice什么版本？17没有该选项哦？

量化小王子

sai77 发表于 2024-12-28 19:01
chemoffice什么版本？17没有该选项哦？

2023，你可以试一下快捷键ctrl shift D

ABetaCarw

chemdraw中直接复制COF环，然后到chem3D  edit - paste special - preserve coordinates
然后MMFF94 能量极小化

量化小王子

ABetaCarw 发表于 2024-12-28 19:49
chemdraw中直接复制COF环，然后到chem3D  edit - paste special - preserve coordinates
然后MMFF94 能量 ...

没试过这样的方法

牧生

ABetaCarw 发表于 2024-12-28 19:49
chemdraw中直接复制COF环，然后到chem3D  edit - paste special - preserve coordinates
然后MMFF94 能量 ...

我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的mol文件，用这个方法优化出来，并不呈现为撑开的环状，而是坍塌的感觉。

量化小王子

牧生 发表于 2024-12-28 20:29
我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的 ...

学习到了

量化小王子

牧生 发表于 2024-12-28 20:29
我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的 ...

对于一些的配合物，直接按照这样的方法，配合物会成平面，配体与配体之间会重叠

ABetaCarw

牧生 发表于 2024-12-28 20:29
我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的 ...

那我加个定语：“超多原子的平面结构”
刚刚说的这招 对于那些立体结构 甚至金刚烷这类的 都不好使。

再说个处理更复杂体系的方法：假设你遇到个超大平面结构 带着一些 立体的灯笼（比如金刚烷 环糊精）这样的奇葩结构，可以尝试平面结构这么搞搞，然后灯笼单独按照直接粘贴到chem3d的方式弄，然后再到MS里面把两个结构给连上  然后再用MS的clean工具点几下 ，或者forcite优化一下，基本就可以投到xtb里面进行接下来的活了。

Daniel_Arndt

如果是有机分子的话，我一般都是先用ChemDraw生成SMILES字符串，然后用RDKit的ETKDG v3把SMILES字符串转换为xyz文件。