使用antechamber为非标准残基生成 mol2 文件出现错误

YuniJ · 发表于 Post on 2025-1-8 10:16:48

如题所示，我使用antechamber为FMT生成 mol2 文件，其中FMT包含的原子是C、O、O，由于FMT两个氧原子分别与ZN有配位键，amber教程里说与锌离子的配位氧原子连接的氢要删掉，因此我没有对FMT进行加氢操作，然后使用antechamber -fi pdb -fo mol2 -i FMT_H.pdb -o FMT_pre.mol2 -c bcc -pf y -nc -1 -m 2出现错误：

QMMM: System specified with odd number of electrons ( 17)
QMMM: but odd spin ( 1). You most likely have the charge of
QMMM: QM region (qmcharge) set incorrectly. Correct error and re-run calculation.

之后进行了加氢操作，再执行同样的命令成功了，但是我不太明白为什么？我也了解可以尝试用用Multiwfn算RESP，但是我不太明白我以上操作出错的原理，请各位老师指导一下，谢谢

SiqiLee · 发表于 Post on 2025-1-8 20:19:46

是所有的H都没有加嘛还是加好后删除了对应的H？体系的自旋多重度设置成2却识别成了1？为什么不保留中间文件看看呢？

YuniJ · 发表于 Post on 2025-1-12 16:46:05

SiqiLee 发表于 2025-1-8 20:19
是所有的H都没有加嘛还是加好后删除了对应的H？体系的自旋多重度设置成2却识别成了1？为什么不保留中间文件 ...

您好，是先加了氢，然后删除了氧上的H（因为O和ZN之间存在配位键），然后执行的时候提示错误，后面把这个氢加上以后就没有错误了

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[Amber] 使用antechamber为非标准残基生成 mol2 文件出现错误

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