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[GROMACS] 如何得到适用于charmm36力场的H3O+itp文件

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利用ATB分子库下载的H3O+的itp文件,gmx insert-moleculaes 插入膜的水溶液环境,改了gro文件和top文件以及itp文件里的O原子类型命名,在charmm36力场下跑了md模拟,虽然没有报错,但是这样的模拟应该是存在问题的,可我没法用swissparam和CGenFF生成H3O+的itp文件,我把mol2文件导上去就说不行,所以不知道各位老师有没有什么好的建议,还是说我重新建适用于gromos54Aa7的磷脂膜,之前是用charmm-gui建的膜。谢谢

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发表于 Post on 2025-1-9 21:27:42 | 只看该作者 Only view this author
sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建立基于GAFF力场的[H3O]+的拓扑文件,genmixmem(http://sobereva.com/245)产生磷脂膜的结构文件,然后Slipids膜力场或Lipid膜力场结合SPC/E水模型做动力学模拟,这是最推荐的方案。

另外,gromos54A7根本不是拿来模拟磷脂膜的,非要用联合原子模型也是用与这个力场兼容的专门的膜力场,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)讲生物膜模拟的部分专门说了:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-9 21:41:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-9 21:27
sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建立基于GAFF力场的[H3O]+的拓扑文件,genmixmem(http://sober ...

太感谢sob老师了,我回去尝试一下。还想请问OH-这样的小分子用sobtop也合适吗,因为我主要是想模拟酸碱膜环境

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发表于 Post on 2025-1-10 00:32:01 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2025-1-9 21:41
太感谢sob老师了,我回去尝试一下。还想请问OH-这样的小分子用sobtop也合适吗,因为我主要是想模拟酸碱膜 ...

合适
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 09:13:20 | 只看该作者 Only view this author

好嘞,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-1-10 11:09:01 | 只看该作者 Only view this author
CHARMM36力场本身就有OH-的参数,H3O+的参数见https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0006349513007455 的SI

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 22:02:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NEW12138 于 2025-1-11 22:10 编辑
fhh2626 发表于 2025-1-10 11:09
CHARMM36力场本身就有OH-的参数,H3O+的参数见https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000634 ...

谢谢您的回复,有个问题想进一步请教一下,就是SI里的提供的是电荷信息,我只需要直接加到ions.itp文件里就行,不需要改ffbonded和nonbonded文件是吗,因为这些信息H3O+和OH-是一样的,不知道我这样描述准确不准确。还有就是这个SI里写的atom部分的O是OH2,这个原子类型我看CHARMM力场里的OH-的O是OX,所以有点疑惑。到时候想用您的建议和sob老师的建议都做一下,谢谢

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发表于 Post on 2025-1-12 15:39:37 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2025-1-11 22:02
谢谢您的回复,有个问题想进一步请教一下,就是SI里的提供的是电荷信息,我只需要直接加到ions.itp文件里 ...

这篇论文中O和H的VDW参数和成键参数没有变

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-12 18:44:40 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2025-1-12 15:39
这篇论文中O和H的VDW参数和成键参数没有变

好的,谢谢您的回复,我再仔细看看这个文章。所以OH2不重要,只是一个名称

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