Amber怎么将配体的坐标冻结

Ruzhuang · 发表于 Post on 2025-1-9 17:04:59

各位老师，我想做一下aNCI的弱相互作用可视化分析，我做的是肽链和大分子蛋白的体系，现在想冻结肽链坐标保持不变，amber中要加入什么参数呢，下面是我的输入文件和报错信息，求解答

Ruzhuang · 发表于 Post on 2025-1-9 17:05:58

我的肽链是6mer的，我用的restraintmask=':1-6',给了个500的限制力，还是报错

SiqiLee · 发表于 Post on 2025-1-9 20:15:49

是不是没有设置恒压条件？设置ntp=1试一下

Ruzhuang · 发表于 Post on 2025-1-10 11:25:21

好的，谢谢，我试下

Ruzhuang · 发表于 Post on 2025-1-10 13:11:48

SiqiLee 发表于 2025-1-9 20:15
是不是没有设置恒压条件？设置ntp=1试一下

还是会报错

SiqiLee · 发表于 Post on 2025-1-10 15:20:21

Ruzhuang 发表于 2025-1-10 13:11
还是会报错

你前面最小化和加热都没问吗？

z9527567 · 发表于 Post on 2025-1-10 16:21:10

加的力太大了，减小下试试

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