gmx MMPBSA_ana显示残基分解时会缺少一些基团

Sunca · 发表于 Post on 2025-1-26 10:18:14

本帖最后由 Sunca 于 2025-1-26 10:32 编辑

我计算的体系两条链一共2*14个基团，结果文件FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat中没有问题，但是用gmx MMPBSA_ana打开的话就会缺少一些基团，这是为什么？或者有其他办法得到这样的图吗

Loading0760 · 发表于 Post on 2025-1-26 13:03:55

这里试试？

Sunca · 发表于 Post on 2025-1-26 15:16:06

Loading0760 发表于 2025-1-26 13:03
这里试试？

把那个remove non-contributing residues取消勾选就好了

libranyj · 发表于 Post on 2025-1-27 23:06:15

楼主好，我想请教一下这样的热图能否自己导出结果用Origin画，但是我跑完的自由能分解结果只有各残基的平均自由能，而没有每一帧的能量分解，不知道横坐标的时间轴是通过什么导出来的？期待您的解答

Sunca · 发表于 Post on 2025-2-3 17:19:52

libranyj 发表于 2025-1-27 23:06
楼主好，我想请教一下这样的热图能否自己导出结果用Origin画，但是我跑完的自由能分解结果只有各残基的平均 ...

我也不太清楚

，我看了下确实找不到这样的的文件，不知道这个ana从哪个文件读取到的残基分解随时间变化的数据

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[GROMACS] gmx MMPBSA_ana显示残基分解时会缺少一些基团