关于生成可用于GROMACS模拟的配体拓扑文件的问题

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-4-28 22:45:24

本帖最后由 NEW12138 于 2025-4-29 10:25 编辑

问题：输入swissparam及charmm-gui生成配体拓扑文件的输入文件格式应该用mol文件还是mol2? 用同一个结构分子分别导出mol和mol2文件，输出拓扑文件时，压缩文件包里的pdb或者mol2文件有差异：mol文件输入进去之后输出得到的pdb或者mol2文件结构会相对初始结构变化，而mol2文件输入不会
过程：
发现 swissparam及charmm-gui输入文件都可以用Marvin JS上方的文件导入选项，这个时候不能用mol2文件可以用mol

除此之外 swissparam及charmm-gui可以直接上传mol2文件

但是用同一个结构分子分别导出mol和mol2文件，输出拓扑文件时，压缩文件包里的pdb或者mol2文件有差异：mol文件输入进去之后输出得到的pdb或者mol2文件结构会相对初始结构变化，而mol2文件输入不会

Loading0760 · 发表于 Post on 2025-4-29 11:22:47

肯定是mol2格式比较好,mol2格式记录了原子电荷,原子类型,成键,化学键类型,这样的信息的更丰富的.输出的拓扑文件有差异具体是指什么,是力场文件有问题吗?
swissparam导入之后也可以修改的吧,把不合理的成键改一下就行.不过真的做非标准氨基酸的话可以参考http://sobereva.com/266这里提到的工具

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-4-29 16:52:30

Loading0760 发表于 2025-4-29 11:22
肯定是mol2格式比较好,mol2格式记录了原子电荷,原子类型,成键,化学键类型,这样的信息的更丰富的.输出的拓扑 ...

谢谢您的回复！我用的分子是课题组里合成的一种带共轭骨架的长链分子，因为还没发文章所以不方便发出来，就是分子结构形态上的差异，成键什么的倒是没有问题。swissparam输入mol2文件原子不能太多，我长链的分子只能用MARVIN JS上传mol文件，输出文件夹里分子结构变化了。而如果我用charmm-gui的ligand模块生成的话，虽然可以上传mol2文件，生成的分子结构没有变化，可是charmm36的力场包里关于我分子的一些bondtype和dihedraltype不全，一个个补上去很麻烦。我本来想直接用自带的生成的charmm.itp文件，但我还需要用到charmm36的力场包的离子部分，现在就是两头都困住了。不过我发现我用结构相似的文献里的分子导入mol文件，结构也不会变，结构如下图，不清楚是什么原因导致的。目前我是需要在charmm力场下模拟，因为是要补之前未完成的工作，最好力场前后一致，所以能用的拓扑文件生成程序比较少

student0618 · 发表于 Post on 2025-4-29 17:16:42

有没有试过用CGenFF 服务器？

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-4-30 09:34:22

student0618 发表于 2025-4-29 17:16
有没有试过用CGenFF 服务器？

试过，挂了梯子没有学校邮箱也注册不了

popelrain · 发表于 Post on 2025-5-14 21:24:34

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