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[GROMACS] 求助是否能够使用GROMACS模拟气体和有机质体系

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各位老师好!我想使用GROMACS模拟下氮气和二氧化碳气泡跟有机物相互作用,不知道是否可行?如果可行的话用什么力场比较合适呢?

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发表于 Post on 2025-5-10 01:39:05 | 只看该作者 Only view this author
可以模拟。可以找找文献里有没有专用的力场。找不到合适的力场也可以让试试用这里这些工具生成一个《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

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发表于 Post on 2025-5-10 03:25:53 | 只看该作者 Only view this author
完全可行且极为适合
其中氮气和CO2建议用TraPPE-small力场,论坛首页全文搜索框搜索,有现成的拓扑文件。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-10 13:06:29 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-5-10 01:39
可以模拟。可以找找文献里有没有专用的力场。找不到合适的力场也可以让试试用这里这些工具生成一个《几种生 ...

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-10 13:06:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-10 03:25
完全可行且极为适合
其中氮气和CO2建议用TraPPE-small力场,论坛首页全文搜索框搜索,有现成的拓扑文件。

谢谢sob老师!

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