求助：GROMACS模拟的RMSD出现尖峰

17-li

我的模拟体系是一个四条DNA单链组成的四面体，用力场文件amber14sb_OL15.ff模拟了300ns，RMSD图如下，查看轨迹动画发现对应时间有单链突然解离。我不清楚出现这个解离的原因是什么？说明什么问题？想听听大家的意见

Loading0760

你的RMSD的突变已经有5 nm了,这一般就是没有消除周期性边界条件导致的.

等等,不好意思,你说的是解离啊.这种四面体DNA结构本身就不是很稳定的,他初始结构是你是怎么搭建的,你的四面体是不是甲烷那种构象.
DNA骨架高度负电荷,四面体的连接处更是,所以离子浓度也很有说法.可以看一下解离的瞬间是那几个位置先解离的

sobereva

看轨迹时候要把盒子显示出来，并且看下文的RMSD部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

17-li

Loading0760 发表于 2025-5-12 10:14
你的RMSD的突变已经有5 nm了,这一般就是没有消除周期性边界条件导致的.

等等,不好意思,你说的是解离啊. ...

是用oxView手动搭建+oxDNA粗粒度模拟进行初步优化后得到的结构，我现在只能想到初始结构的问题，或者力场文件要不要换别的？
另外解离的几帧我也挨个查看了，解离的链有时候是链4，有时候是链3、链2，不是很一致，找不到规律

17-li

sobereva 发表于 2025-5-12 20:42
看轨迹时候要把盒子显示出来，并且看下文的RMSD部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://s ...

老师您好，我知道自己的结构应该是没有到达平衡，按照您的建议，我把盒子也一起显示了，确实解离的链会跑到盒子外面去。现在我不知道怎么解决这个问题，我试过跑更长的时间，也是一样的现象，没办法达到较为稳定平衡的状态

17-li

生成轨迹动画之前我运行了以下命令，我以为已经消除了周期性边界条件：
gmx trjconv -s 0507_300ns.tpr -f 0507_300ns.xtc -n index.ndx -o 300ns_noPBC.xtc -center -pbc mol -ur compact
gmx trjconv -s 0507_300ns.tpr -f 300ns_noPBC.xtc -n index.ndx -o 300ns_aligned.xtc -fit rot+trans
gmx trjconv -s 0507_300ns.tpr -f 300ns_aligned.xtc -n index.ndx -o 300ns_fit.pdb -dt 1000 -conect

student0618

-pbc cluster

sobereva

17-li 发表于 2025-5-15 10:28
老师您好，我知道自己的结构应该是没有到达平衡，按照您的建议，我把盒子也一起显示了，确实解离的链会跑 ...

VMD里把相邻的盒子都显示出来，如果看到体系在盒子边缘处实际上是完整的，说明纯粹是跨盒子导致的，而根本不是实质上散架了。用trjconv结合-pbc cluster处理轨迹把整个四条DNA保持完整就完了

17-li

sobereva 发表于 2025-5-16 04:09
VMD里把相邻的盒子都显示出来，如果看到体系在盒子边缘处实际上是完整的，说明纯粹是跨盒子导致的，而根 ...

感谢老师，真的-pbc cluster就没有散架了！太感谢了

17-li

student0618 发表于 2025-5-15 13:57
-pbc cluster

感谢大佬！！！问题解决了