求助 VMD 中 Gromacs MD 轨迹播放分子链穿越盒子边界的跳跃问题怎么解决

sarphuart · 发表于 Post on 2025-5-12 20:08:59

为解决 VMD 盒子的周期性问题，参考 VMD Gromacs 周期性轨迹胡乱连键问题 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社和 VMD在观察运行轨迹时，如何去掉些不该出现的线条（已经解决） - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社，使用了 gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o whole.xtc -pbc mol -ur compact -center 命令转化轨迹使得分子保持完整，但是 VMD 模拟的分子链仍然在盒子周期性边界上跳来跳去（三条分子链正好在盒子边界处运动），极其影响播放轨迹的美观性，请问各位老师还有什么比较合适的方式解决吗
如下图，多处出现了轨迹上下帧在边界处反复横跳，瞬间的位移极其影响美观。

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-12 21:16:39

-pbc nojump不按PBC记录

爱喝茶 · 发表于 Post on 2025-5-13 15:31:01

pbc指令下的参数可以都尝试一下

sarphuart · 发表于 Post on 2025-5-13 17:15:49

sobereva 发表于 2025-5-12 21:16
-pbc nojump不按PBC记录

好的，谢谢社长

sarphuart · 发表于 Post on 2025-5-13 17:16:20

爱喝茶发表于 2025-5-13 15:31
pbc指令下的参数可以都尝试一下

好的，我多尝试一下调节参数，感谢

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