使用Groamcs计算蛋白配体复合物的RMSD时第0帧不为0

yaohuaxiaoshuo

用Gromacs进行蛋白配体复合物100 ns的模拟，然后用 gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_center.xtc-center -pbc mol -ur compact -n index.ndx 命令去除周期性边界条件，再gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg -tu ns命令计算 Protein_MOL复合物的RMSD，最后发现 复合物的RMSD第0帧时为 1.4 nm，单独计算MOL或者Protein时，第0帧都是0开始，请问是哪里操作有问题吗？

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gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg -tu ns选取的
Select group for least squares fit和Select group for RMSD calculation分别是什么?
解决办法
1. 你把轨迹的第0帧保存成pdb或者gro文件,gmx rms -s 这里输入这个文件,这样一开始就应该是0.
2. 用VMD

yaohuaxiaoshuo

Loading0760 发表于 2025-5-14 13:13
gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg -tu ns选取的
Select group for leas ...

感谢老师指导，gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg -tu ns选取的
Select group for least squares fit和Select group for RMSD calculation  都是Protein_MOL这个组。

随后按照老师你说的将轨迹第0帧保存为PDB文件，再gmx rms -s XXX.pdb，这样解决问题了。
还想问下老师，如果要计算蛋白配体复合物的RMSD，是Select group for least squares fit和Select group for RMSD calculation  都选Protein_MOL这个组吗？

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yaohuaxiaoshuo 发表于 2025-5-14 13:42
感谢老师指导，gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg -tu ns选取的
Selec ...

-s是输入的参考帧,拿轨迹的初始作为输入的话就应该是0.
第一个Select group for least squares fit是相对于哪个体系
第二个Select group for RMSD calculation是计算谁的RMSD
如果你第一个和第二个都是同一个group, 那计算的就是一般意义上的RMSD,用于衡量构象变化.
蛋白配体复合物的RMSD,应该是构建一个新的group,你这个也构建好了,所以都选15没问题.