模拟结束后如何进行脂质膜中脂质分子的构象筛选和头部面积计算？

KazusaT

各位老师好，我使用sob老师的genmixmem建模了一个脂质双分子层，由50%的分子A（我自己合成的脂质分子），40%胆固醇和10%DPPC构成，模拟结束后有两个问题：
1. 我希望得到平衡后A的主要构象，比如提取模拟的最后10 ns，总共得到5000帧，此时用gromacs提取出来的轨迹是包含所有A分子的（比如每帧50个A），我想要使用RMSD对单个A分子结构进行归类，应该如何实现？我想到的做法是转为xyz文件后用脚本分割为单个分子并计算RMSD分类，请问gromacs是否有单个分子聚类的功能？
2. 我想要计算A分子主要构象的一些参数，例如头部面积等，对于同一脂质分子构成的膜，可以用模拟平衡时的xy平面面积除以分子数，对于这种混合分子膜，有什么好的方法计算头部面积？
希望各位老师指点一下

sobereva

1 没有这种功能。需要自己弄脚本。gmx cluster做簇分析是对特定的组做的，没法自动把组拆分成一个个单分子处理
2 有个叫GridMAT-MD的工具可以做，DOI 10.1002/jcc.21172

KazusaT

sobereva 发表于 2025-6-1 09:20
1 没有这种功能。需要自己弄脚本。gmx cluster做簇分析是对特定的组做的，没法自动把组拆分成一个个单分子 ...

好的，我学习一下，谢谢老师