如何在GROMACS模拟中稳定水合物结构以及有效合成水合物结构

Flyearth · 发表于 Post on 2025-6-1 13:07:02

本人在初始体系中加入丙烷（OPLS-AA）、氢气（terface）与水分子（TIP4P）在体系内随机分布，先经过能量最小化然后经过nvt系综控制温度至250K，之后经过npt系综控制压强至70MPa，最后在250K、70MPa的条件下进行模拟仿真跑了多次，最大的步长大概跑了3000ns，模拟的结果均为在起初的数ps内形成分子聚团，之后聚团在体系内运动，距离预想目标相距甚远
之后构建了大笼由丙烷分子占据，小笼由氢气分子占据的SⅡ水合物结构在左右两侧加入少量氢气分子分布的层，在250K、70MPa下的条件下进行仿真计算之后，体系依然溶解，与低温高压下水合物结构维持稳定的预想也不相符
求助有没有相关方向的老师帮助检查一下，是否是我的仿真思路有问题抑或是仿真中涉及的相关的参数设置有问题

牧生 · 发表于 Post on 2025-6-1 13:20:05

1、模拟就是模拟，不是仿真
2、水模型应该用TIP4P/ICE，而不是TIP4P
3、预先向盒子中加入晶胞作为种子，可以在短时间内看到水合物的生长，但你这里分解了，可能与水模型不恰当有关
4、氢气水合物比较难以形成，你可以先试试模拟CO2水合物的生长，这个挺快的，有晶胞种子的情况下，10MPa，270K条件下即可快速生长。

Flyearth · 发表于 Post on 2025-6-1 14:01:53

本帖最后由 Flyearth 于 2025-6-1 16:36 编辑

牧生发表于 2025-6-1 13:20
1、模拟就是模拟，不是仿真
2、水模型应该用TIP4P/ICE，而不是TIP4P
3、预先向盒子中加入晶胞作为种子， ...

想请教一下老师，tip4p与tip4p/ice是只有力场文件上的差异在结构文件上应该都是四点位水吗，我从http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=32973&highlight=tip4p修改了TIP4P的力场文件，然后再把之前说的成型水合物在250K、70MPa跑了10ns，感觉还是散了

chenzhe · 发表于 Post on 2025-6-3 10:00:36

Flyearth 发表于 2025-6-1 14:01
想请教一下老师，tip4p与tip4p/ice是只有力场文件上的差异在结构文件上应该都是四点位水吗，我从http://b ...

八成力场文件错了，tip4pice就是你在常温常压下，水合物都不会立马分解。

Flyearth · 发表于 Post on 2025-6-3 16:12:26

chenzhe 发表于 2025-6-3 10:00
八成力场文件错了，tip4pice就是你在常温常压下，水合物都不会立马分解。

谢谢老师，我改成tip4p-ice确实就成了

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