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[GROMACS] Gromacs中GPU加速问题,同时跑两个模拟的时候速度直线下降

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请教一个Gromacs中GPU和CPU配置的问题。我在服务器上有2个GPU+64个核。我调用1个GPU和32个核的时候,单独跑一个模拟时速度能达到280ns/day。但是再加上一个模拟,同时跑两个模拟(分别调用1个GPU和32个核)的时候速度直线下降,每个只有120ns/day。我使用的脚本如下。请问需要怎么解决?

202506170827535681..png (28.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

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发表于 Post on 2025-6-17 17:57:35 | 只看该作者 Only view this author
可以查看过程中CPU和GPU的占用率?先确定CPU和GPU到底有没有在干活吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-18 10:00:52 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-6-17 17:57
可以查看过程中CPU和GPU的占用率?先确定CPU和GPU到底有没有在干活吧

没有干活。使用率只有40%。

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发表于 Post on 2025-6-19 07:44:06 | 只看该作者 Only view this author
应当把跑两个模拟的命令同时给出,当前只给了一个。并且看看是否两个GPU同时都有负载
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发表于 Post on 2025-6-19 11:11:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乘风万里 于 2025-6-19 11:17 编辑

1. 两个任务分别需要设置 -gpu_id 0 与 -gpu_id 1 (以及正确对应的CUDA VISIBLE DEVICES,但我跑到的时候没用过这个环境变量),具体看你 nvidia-smi 里显示的 gpu_id
2. 去掉 -pin on参数试试

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