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[GROMACS] 关于离子液体CL&P力场生成的一些问题

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本人在生成CL&P力场的时候,分别使用CL&P力场开发者Agilio Padua编写的fftool工具和autoff工具生成离子液体的力场文件,在观察生成的拓扑文件后,发现存在以下的不同
1.[bonds]项中对于所有的C-H键,fftool工具仅使用约束,而autoff工具则是采用-CH的键伸缩常数
2.[dihedrals]项中,fftool工具还对咪唑环上的二面角进行了定义,autoff中则没有此项,而是将这部分转到了improper项中
  1. 2     5     1     6      5    0.00000   8.36800   0.00000   0.00000
  2.     1     3     2     7      5    0.00000   9.20480   0.00000   0.00000
  3.     2     4     3     8      5    0.00000   8.36800   0.00000   0.00000
  4.     3     5     4     9      5    0.00000   9.20480   0.00000   0.00000
  5.     1     4     5    10      5    0.00000   9.20480   0.00000   0.00000
复制代码
请问各位,这部分的区别是否在实际模拟中可以忽略?

EMIM.itp

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autoff

field.top

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fftool

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