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本人在生成CL&P力场的时候,分别使用CL&P力场开发者Agilio Padua编写的fftool工具和autoff工具生成离子液体的力场文件,在观察生成的拓扑文件后,发现存在以下的不同
1.[bonds]项中对于所有的C-H键,fftool工具仅使用约束,而autoff工具则是采用-CH的键伸缩常数
2.[dihedrals]项中,fftool工具还对咪唑环上的二面角进行了定义,autoff中则没有此项,而是将这部分转到了improper项中
- 2 5 1 6 5 0.00000 8.36800 0.00000 0.00000
- 1 3 2 7 5 0.00000 9.20480 0.00000 0.00000
- 2 4 3 8 5 0.00000 8.36800 0.00000 0.00000
- 3 5 4 9 5 0.00000 9.20480 0.00000 0.00000
- 1 4 5 10 5 0.00000 9.20480 0.00000 0.00000
复制代码 请问各位,这部分的区别是否在实际模拟中可以忽略?
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EMIM.itp
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autoff
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field.top
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fftool
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