如何修改羟基化石英壁面的itp文件

jingAAA · 发表于 Post on 2025-7-3 16:17:56

我目前搭建了一个体系：其中包含羟基化石英壁面，中间夹层是 CH₄、CO₂ 和 H₂O 分子。

CH₄和 H₂O 的力场参数（.itp 文件）均在opls力场下利用网址自动生成。
CO₂ 是EPM2模型，是社长写的
羟基化石英壁面的力场文件是我根据CLAYFF力场文献自己手动编写的，包括 [ atoms ] 和 [ bonds ] 信息。（羟基化石英是利用MS按照网上的教程建立的）

在进行能量最小化预处理时，GROMACS 提示整个体系总电荷不是零，而是 -20.020003。我手动检查后发现，quartz.itp里 [ atoms ] 的电荷总数是 -20，但目前我还不知道应该如何正确修改这个itp文件，保证壁面电荷中性。

slxc920113 · 发表于 Post on 2025-7-3 17:21:15

https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... /inorganic-crystals
构造一个羟基化模型的单胞，上传cif，然后选择CLAYFF力场，实际选择CRYSTAL/Silica也可以。然后一直下一步，最后选择合适的比例进行扩胞。

牧生 · 发表于 Post on 2025-7-3 18:03:06

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-5 07:54:53

检查各个分子类型的净电荷值，总能找到原因。
H2O这种有专门力场的分子不要用通用工具产生拓扑文件

方方方 · 发表于 Post on 2025-7-5 17:00:04

使用sobtop就能完成这个操作

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