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[GROMACS] 如何构建缺陷石墨烯的力场参数?

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各位老师,我想请教下如何构建缺陷石墨烯的力场参数用于分子动力学模拟(五圆环、八圆环部分替代了六元环的缺陷石墨烯,目前已用DFT优化得到的缺陷石墨烯的结构及原子电荷),请各位老师不吝指教,谢谢!另外想问下参照社长开发的Sobtop程序中的例7构建缺陷石墨烯的力场参数是否合理?(例7:产生碳纳米管的GROMACS拓扑文件;http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex7

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发表于 Post on 2025-7-9 11:17:39 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop产生就可以。没较高要求的话就直接让sobtop猜合适的力常数,并以DFT优化的结构定义平衡键长/键角/二面角
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-9 12:23:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-9 11:17
用sobtop产生就可以。没较高要求的话就直接让sobtop猜合适的力常数,并以DFT优化的结构定义平衡键长/键角/ ...

好的,谢谢社长。

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发表于 Post on 2025-7-10 15:02:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-9 11:17
用sobtop产生就可以。没较高要求的话就直接让sobtop猜合适的力常数,并以DFT优化的结构定义平衡键长/键角/ ...

站长 lammps的话可以用什么

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发表于 Post on 2025-7-10 22:39:22 | 只看该作者 Only view this author
1030266769 发表于 2025-7-10 15:02
站长 lammps的话可以用什么

不能。但可以把gromacs的拓扑文件转成lammps的,通过InterMol(https://github.com/shirtsgroup/InterMol
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发表于 Post on 2025-7-11 16:27:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-10 22:39
不能。但可以把gromacs的拓扑文件转成lammps的,通过InterMol(https://github.com/shirtsgroup/InterMol ...

谢谢站长

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