计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 244|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 取代反应体系的相互作用能如何考虑BSSE?

[复制链接 Copy URL]

24

帖子

0

威望

129

eV
积分
153

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 121089576 于 2025-7-10 00:16 编辑

在Sob社长“谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理”(http://sobereva.com/46)中给出的常规的考虑BSSE的相互作用能计算方式为E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE,但是我认为这仅限于A、B在作用过程中未发生分子的变化。比如以counterpoise计算氢键作用的A、B,A、B并未发生反应,没有新的产物,此时能量计算基于AB的基函数,没有任何问题。


但是,如果是取代反应呢?此时就有了反应物和产物之分。
借用社友LIEL的例子:磺酸基团(A)与水合铅(Pb*6H2O)的配位取代。
不考虑BSSE的情况E_interaction=E(A*5H2O*Pb)+E(H2O)-E(A)-E(Pb*6H2O)。如果还是按常规方式考虑E_BSSE,那么此时A是磺酸基团,B是5H2O*Pb,那么基于这个AB基函数计算出来的BSSE是没有包含H2O和Pb*6H2O的,所以这种方式肯定不对。这种情况该如何考虑BSSE呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-7-10 00:48:12 | 只看该作者 Only view this author
牵扯配位键这种强相互作用时不需要特意考虑BSSE问题。对于DFT计算,直接用诸如def2-TZVP这样较好档次的基组就行了。并且看下文
计算化学键键能时以counterpoise方式考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的
http://sobereva.com/381http://bbs.keinsci.com/thread-6047-1-1.html

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
Stardust0831 + 1 GJ!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

325

帖子

3

威望

1740

eV
积分
2125

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2025-7-10 00:58:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-7-10 01:02 编辑

我很少见到在能垒计算时刻意考虑BSSE,如果弱相互作用确实很重要,想要BSSE问题更小,我有两个解决策略:
1.使用大基组,如ma-def2-TZVP,乃至ma-def2-QZVP(普通dft用后者很浪费)。基组足够完备了,BSSE问题自然就会小。
2.使用gCP,见社长在《盘点Grimme迄今对理论化学的贡献》中的评价:
(5)gCP。2012年
文献:JCP,136,154101(2012)
中小基组,诸如def2-SVP、6-31G*下计算弱相互作用烂最主要的原因是BSSE问题严重,虽然可以用counterpoise很大程度解决,但需要多花一倍多耗时,更恶心的是没有解析导数,在优化、振动分析时耗时高得要命。而且,对于比如分子内弱相互作用的BSSE对几何结构的影响还没法用counterpoise来考虑。为了解决这些问题,Grimme在2012提出了gCP,全称是geometrical counterpoise。这是一种基于几何结构经验性计算BSSE校正能的方法,有点类似于DFT-D那样,也是有几何结构就能立刻给出校正值,但是参数不像DFT-D那样依赖于泛函,而是依赖于基组。gCP对常见的极小基、2-zeta、3-zeta基组都有参数,而4-zeta时BSSE问题已经很小了所以没再提供参数。gCP可以说是免费的,而且用了之后不会导致原先的解析导数丧失。gCP在ORCA中已支持。更多的讨论见《大体系弱相互作用计算的解决之道》(http://sobereva.com/214)。gCP和DFT-D实乃计算大体系弱相互作用者的巨大福音,前者解决中小基组的不足,后者解决泛函的不足,如果再结合RIJ技术加速纯泛函计算,则"RI-纯泛函-gCP-D3/def2-SVP"算大体系弱相互作用真是又快又好(一般推荐优化用这个,算能量时切换到更好的def2-TZVP)。

这个方法不会增加太多耗时,有点类似DFT-D3(BJ),高斯没法直接用,orca支持。
如果你希望Gaussian做过渡态计算的时候也可以使用gCP这种ORCA才支持的理论方法,可以直接用这个接口:《将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析


评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
wal + 5

查看全部评分 View all ratings

24

帖子

0

威望

129

eV
积分
153

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-10 10:29:58 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-7-10 00:58
我很少见到在能垒计算时刻意考虑BSSE,如果弱相互作用确实很重要,想要BSSE问题更小,我有两个解决策略:
...

好的, 感谢回复

24

帖子

0

威望

129

eV
积分
153

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-10 10:31:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-10 00:48
牵扯配位键这种强相互作用时不需要特意考虑BSSE问题。对于DFT计算,直接用诸如def2-TZVP这样较好档次的基组 ...

感谢社长回复。那弱配位也不需要考虑BSSE吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-7-10 11:27:52 | 只看该作者 Only view this author
121089576 发表于 2025-7-10 10:31
感谢社长回复。那弱配位也不需要考虑BSSE吗?

不需要非得以counterpoise、gCP之类方式校正BSSE问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 17:35 , Processed in 0.182537 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list