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[VMD] VMD模拟水结冰如何实现文献中的美化效果

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本帖最后由 sarphuart 于 2025-7-13 21:48 编辑

各位老师好,请问 VMD 可以实现以下文献图的美化效果吗,如果可以我应该怎么选择 Rep 语句,谢谢各位老师

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发表于 Post on 2025-7-14 03:07:41 | 只看该作者 Only view this author
我记得文献里有判断冰相区域的算法/判据。自己写VMD tcl脚本,循环各个水,筛出来属于冰的原子加入列表,然后用命令行创建一个rep并设置这些原子用licorice方式显示。其它部分用line显示

如果情况比较简单,界面很平坦,那就直接根据Z坐标范围设置定义选择范围设置rep就行了,不需要脚本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-14 21:03:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-14 03:07
我记得文献里有判断冰相区域的算法/判据。自己写VMD tcl脚本,循环各个水,筛出来属于冰的原子加入列表,然 ...

谢谢sob老师,我去试试

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Nerv

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发表于 Post on 2025-7-15 14:07:25 | 只看该作者 Only view this author
用chill+区分一下冰和水,然后把标记粘贴到pdb结构的occupancy部分,
VMD的rep里写occupancy 0 #假设0是冰,用dynamic bonds显示,
相对的,水就是not occupancy 0,用lines显示
最后效果就是图里的样子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-16 12:36:52 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2025-7-15 14:07
用chill+区分一下冰和水,然后把标记粘贴到pdb结构的occupancy部分,
VMD的rep里写occupancy 0 #假设0是冰 ...

好的,谢谢老师们的建议

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