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[分子对接] 求助各位老师,如何做配体与蛋白质二聚体的分子对接

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请教各位老师:针对一个对称长链配体(两端含高亲和力基团,可以牢固结合在在蛋白质的活性腔内)插入蛋白二聚体内部的模拟问题,常规分子对接因局限于单一连续活性口袋,难以实现配体同时桥接两个单体的结合模式。现有三个思路请指导:1. 诱导契合对接(IFD)能否实现跨二聚体结合?2. 若先将一端对接至单体,另一端施加位置限制势进行动力学模拟是否可行?3. 此类复杂结合是否必须依赖X射线晶体学解析?恳请建议适用方法或推荐其他计算策略。



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