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[综合交流] 求助对由vmd生成的SDF图的优化

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各位老师好,我的体系是Na2.9Sb0.95W0.05S3.95I0.05,首先我用cp2k跑了14ps产生了xyz轨迹,后在vmd中通过volmap工具生成了SDF图,如下图所示,显示了Na+在空间各点处的分布概率,但是我在想有没有办法对其进行进一步的优化,最终想做成和文献类似的效果。最好同时能够得出Na+在每点分布的具体概率值。请赐教!

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发表于 Post on 2025-8-4 16:37:27 | 只看该作者 Only view this author
首先,你这两张截图哪一张你计算的?哪一张是文献的?

其次,这两张截图除了配色和 isosurface 的数值不同,在我看来也没有什么明显的差别……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-4 17:09:07 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2025-8-4 16:37
首先,你这两张截图哪一张你计算的?哪一张是文献的?

其次,这两张截图除了配色和 isosurface 的数值不 ...

谢谢您的回复。标示(b)图的是我自己做的,标示C的两幅图是文献图片,(b)是我在vmd中做的,但是感觉等值面形状有些奇怪,但是不太知道怎么去优化,希望老师可以指点一下

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发表于 Post on 2025-8-4 17:21:05 | 只看该作者 Only view this author
如果你嫌等值面不够光滑,跑更长的轨迹,以及尝试减小格点间距
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-4 17:29:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-4 17:21
如果你嫌等值面不够光滑,跑更长的轨迹,以及尝试减小格点间距

感谢卢老师的答复。请问后者应该如何实现呢?我目前只有cp2k生成xyz、restart文件等,之前有想过把.xyz文件转成.cube文件,但是不知道具体怎么操作

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发表于 Post on 2025-8-4 17:36:30 | 只看该作者 Only view this author
19821838673 发表于 2025-8-4 17:29
感谢卢老师的答复。请问后者应该如何实现呢?我目前只有cp2k生成xyz、restart文件等,之前有想过把.xyz文 ...

volmap里直接可以设格点间距
volmap可以导出dx格式的格点数据文件,载入Multiwfn后,通过主功能13的选项0可以导出cube文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-4 17:38:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-4 17:36
volmap里直接可以设格点间距
volmap可以导出dx格式的格点数据文件,载入Multiwfn后,通过主功能13的选项 ...

感谢卢老师!我去操作下看看!

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