求助：请问VMD里能实现对单个分子的旋转操作吗

Lisy

VMD里能对各个分子单独实现平移操作，请问可以单独实现旋转操作吗？

Uus/pMeC6H4-/キ

设定原子选区、获取坐标、计算旋转后坐标、修改选区坐标这几步都已有程序实现，其中“计算旋转后坐标”可以用内置的transaxis/transvec/transvecinv/transabout这几种矩阵操作指令（有C++代码实现的也有VMD目录下scripts/vmd/vectors.tcl额外定义实现的）。不过以我之前的经验看，如果旋转轴并不经过坐标系原点、旋转的角度并非已知而是需要现场计算的话，用起来还是有点麻烦且效果不佳。

三维物体旋转的数学基础是个水很深的话题。

sobereva

用VMD的命令行产生和施加旋转矩阵可以实现。不会用的话也可以用下文的做法
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）