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[GROMACS] 亲水孔道中水分子自发排出是什么原因?

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本帖最后由 雷阵雨 于 2025-8-6 22:41 编辑

如题,我最近做了一个关于水分子+1nm孔道的亲水多孔SiO2的模拟,一开始在孔道和骨架两侧分别gmx solvate填充水。其中水分子用的是OPC模型,多孔硅骨架的参数用的是修正后的Chem. Mater., 26, 2647 (2014)中SiO2的参数。分别尝试了NVT和NPT模型,但是在模拟过程中均出现了水分子从孔道中排出的情况,请问各位老师这是合理的现象吗?之前看文献中关于微孔中水的分布的讨论,疏水孔是会有自发脱水的情况,亲水孔自发脱水的报道好像很少,且之前看到文献中用实验手段表征到了亲水孔道中水分子的存在,故提出这个疑问,请各位老师不吝赐教。


202508062206202318..png (450.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

材料加水后xy平面

材料加水后xy平面

202508062206118116..png (372.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

材料xy平面

材料xy平面

be1156b94273548e1589eb841af0966b.png (467.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

材料加水后yz平面

材料加水后yz平面

NPT.mdp

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NVT.mdp

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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
检查原子电荷。若原子电荷不当,静电相互作用不足,自然会排除出来
记住问这种问题必须给出拓扑文件,光给个mdp毫无用处,这完全不体现力场信息
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,opc水和材料的拓扑文件如下,材料的拓扑文件较大没法上传,故仅把sobtop中相关原子的参数上传了

assign_AT.dat

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bonded_param.dat

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LJ_param.dat

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opc.itp

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