计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 80|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] sobtop基于m2Seminario方法产生的参数合理性问题

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

685

eV
积分
695

Level 4 (黑子)

各位老师好,我需要对一个含Co、O、H元素的层状体系进行基于经典力场的MD模拟,由于无现成参数可用,遂采用sobtop基于m2Seminario方法产生参数。利用mol2文件和cp2k的频率分析文件作为输入。顺利得到了参数。
但是我在查看FFderiv后发现,参数的力常数看上去(相对于amber力场相应数值的数量级来说)并不合理,如下图,O-H键的k更是达到了惊人的10^5量级(相比而言,amber的ow-hw的k只有553,乘2后也只有10^3量级)。请问这是什么原因?(已经尝试过mSeminario和DRIH,mSeminario得到的数值差不多,DRIH则更大得离谱)
注:cp2k的计算级别:PBE-D3(BJ)+U(Co 3.32eV,用的Material Project数据库提供的值)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH,gamma点,扩胞2x2x1(3x3x1也试了,最后结果大差不差)。先进行几何优化,再在同级别下读取几何优化的.wfn文件进行频率分析,得到out文件喂给sobtop。(我不太会cp2k,自学了数日,不知道级别是否合理,这个程序确实复杂,已经打算报卢老师的班了)
用这个参数模拟的结果其实还凑合,就是不知道是否靠谱。
谢谢各位老师解答!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120050

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on yesterday 18:17 | 只看该作者 Only view this author
如果只是为了维持刚性,力常数直接猜个不大不小的值就完了,没必要基于Hessian算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

685

eV
积分
695

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 19:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-11 18:17
如果只是为了维持刚性,力常数直接猜个不大不小的值就完了,没必要基于Hessian算

谢谢sob老师回复。
那我是为了研究这个纳米片在溶液相对溶液中一种离子径向分布的影响,已经找到了合理的epsilon和sigma,能不能直接把这个纳米片结构直接冻了呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120050

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 9 hour ago | 只看该作者 Only view this author
TretopL 发表于 2025-8-11 19:11
谢谢sob老师回复。
那我是为了研究这个纳米片在溶液相对溶液中一种离子径向分布的影响,已经找到了合理 ...

可以
但如果是单层的有柔性的纳米片,这样做可能无法如实体现出纳米片结构的波动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

685

eV
积分
695

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 4 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-12 02:37
可以
但如果是单层的有柔性的纳米片,这样做可能无法如实体现出纳米片结构的波动

好的,谢谢sob老师的解答

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 12:34 , Processed in 0.155321 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list